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  1. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  2. <p class="comment-meta">
  3. <span class="comment-author" property="schema:creator">Martin</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">18/04/2006</span> :
  4. </p>
  5. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  6. <p>Bonsoir<br />
  7. <br />
  8. Merci beaucoup pour partager ce &quot;bout&quot; de code... Maintenant, moi la seule chose que je veux est 'spliter' un PDB en ces chaines (A, B, C, etc). Si je prends vos classes et je met le print suivant: <br />
  9. <br />
  10. print PDB['ATOM']['C'].get_coordinates()[:10]<br />
  11. <br />
  12. j'obtient:<br />
  13. <br />
  14. #####<br />
  15. $ ./PDBparser.py 1RJD.pdb<br />
  16. Traceback (most recent call last):<br />
  17. File &quot;./PDBparser.py&quot;, line 64, in ?<br />
  18. print PDB['ATOM']['C'].get_coordinates()[:10]<br />
  19. NameError: name 'PDB' is not defined<br />
  20. <br />
  21. #####<br />
  22. <br />
  23. des idees ? merci encore!<br />
  24. martin<br />
  25. <br />
  26. [mgrana_at_gmail.com]</p>
  27. </div>
  28. </div>
  29. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  30. <p class="comment-meta">
  31. <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">19/04/2006</span> :
  32. </p>
  33. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  34. <p>Il faut d'abord créer une instance de PDBParser de la manière suivante dans le code :<br />
  35. <br />
  36. PDB = PDBParser(open(&quot;1SDK.pdb&quot;))<br />
  37. <br />
  38. Bon je suis d'accord c'est pas très pratique (surtout qu'à la dernière mise à jour les archives ont sautées :/) et il faut que je documente beaucoup mieux tout ça. À l'époque je ne savais pas le faire mais maintenant oui :)<br />
  39. <br />
  40. Je mettrais à jour prochaînement le billet avec de la documentation agile.</p>
  41. </div>
  42. </div>
  43. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  44. <p class="comment-meta">
  45. <span class="comment-author" property="schema:creator">Jerome Pansanel</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">30/04/2007</span> :
  46. </p>
  47. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  48. <p>Est-ce que vous avez pensé à utiliser cette classe pour écrire un outil permettant de préparer une protéine pour un docking ?</p>
  49. </div>
  50. </div>
  51. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  52. <p class="comment-meta">
  53. <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">30/04/2007</span> :
  54. </p>
  55. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  56. <p>Non, cette bibliothèque est un peu à l'abandon en fait... mais bon le format pdb évolue peu donc elle est toujours utilisable.<br />
  57. <br />
  58. Si vous avez des suggestions d'améliorations, n'hésitez pas, je peux les publier ici.</p>
  59. </div>
  60. </div>
  61. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  62. <p class="comment-meta">
  63. <span class="comment-author" property="schema:creator">Yann</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">21/06/2009</span> :
  64. </p>
  65. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  66. <p>Salut,</p>
  67. <p>je suis un développeur Python qui dispose de pas mal de temps libre devant lui et j&#39;aimerai bien jouer un peu avec les protéines. Léger problème : je manque cruellement de culture générale (pour l&#39;instant) à ce sujet.</p>
  68. <p>Par où (quelle documentation) pensez-vous que je devrais commencer pour, à terme, comprendre quelle protéïne fait quoi et pourquoi.</p>
  69. <p>Merci :)</p>
  70. </div>
  71. </div>
  72. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  73. <p class="comment-meta">
  74. <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">23/06/2009</span> :
  75. </p>
  76. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  77. <p>Hello Yann,</p>
  78. <p>Question difficile :)</p>
  79. <p>En fait ça dépend un peu de ta façon d&#39;apprendre, il y a 3 options à mon avis :</p>
  80. <p>* une formation, coûteux mais si les formateurs sont intéressants ça peut faire gagner un temps fou.<br />* un livre, je sais que &quot;le Campbell&quot; (du nom de son auteur) était notre bible en prépa. Mais il doit sûrement y avoir un peu plus accessible pour commencer.<br />* internet, les articles de wikipedia sont à mon avis un bon point de départ.</p>
  81. <p>Il y aurait peut-être une 4ème option qui serait de rencontrer des biologistes qui sont souvent intarissables sur le sujet et qui combineraient les 3 ;-).</p>
  82. <p>Bon courage !</p>
  83. </div>
  84. </div>
  85. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  86. <p class="comment-meta">
  87. <span class="comment-author" property="schema:creator">Maamri sarra </span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/10/2009</span> :
  88. </p>
  89. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  90. <p>bonjour ,<br />est ce que je peu avoir votre aide pour utilisé la classification CATCH dans le site PDB :et comment je lit les resultats</p>
  91. </div>
  92. </div>
  93. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">
  94. <p class="comment-meta">
  95. <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/10/2009</span> :
  96. </p>
  97. <div class="comment-content" property="schema:commentText">
  98. <p>Si le problème est suffisamment bien décrit pourquoi pas, puis ça te permettra peut-être de trouver la solution par toi-même d&#39;essayer de le formuler :-)</p>
  99. </div>
  100. </div>