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larlet-fr-david/david/biologeek/archives/20050116-la-bio-informatiqu.../index.html

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  6.   <title>La bio-informatique : l&#39;informatique au service de la vie — Biologeek — David Larlet</title>

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  39.           <small>

  40.             Je suis <a href="/david/" title="Profil public">David Larlet</a>, <a href="/david/pro/" title="Activité professionnelle">artisan</a> du web qui vous <a href="/david/pro/accompagnement/" title="Activité d’accompagnement">accompagne</a><span class="more-infos"> dans l’acquisition de savoirs pour concevoir des <a href="/david/pro/produits-essentiels/" title="Qu’est-ce qu’un produit essentiel ?">produits essentiels</a></span>. <span class="more-more-infos">Discutons ensemble d’une <a href="/david/pro/devis/" title="En savoir plus">non-demande de devis</a>.</span> Je partage ici mes <a href="/david/blog/" title="Expériences bienveillantes">réflexions</a> et <a href="/david/correspondances/2017/" title="Lettres hebdomadaires">correspondances</a>.

  41.           </small>

  42.         </p>

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  45.     

  46.     

  47.   <section>

  48.     <h1 property="schema:name">La bio-informatique : l&#39;informatique au service de la vie</h1>

  49.     <article typeof="schema:BlogPosting">

  50.       <div property="schema:articleBody">

  51.         

  52.         <p>Extrait d'une de mes conversation type&nbsp;:</p>

  53. 

  54. <blockquote><p>[...]<br />

  55. Toi&nbsp;: Et sinon tu fais quoi dans la vie / comme études / à Paris (rayer la mention inutile ;-))<br />

  56. Moi&nbsp;: Je fais un master de bio-informatique<br />

  57. Toi&nbsp;: Ah ouais ok... euh... et c'est quoi la bio-informatique ?!</p></blockquote>

  58. 

  59. <p>Et là, j'ai toujours des problèmes pour répondre car il n'y a pas vraiment de réponse précise, si l'on cherche sur <a href="http://fr.wikipedia.org/wiki/Accueil">wikipédia</a> on trouve&nbsp;:</p>

  60. 

  61. <blockquote><p>On regroupe sous le terme de bio-informatique toutes les applications informatiques appliquées à la biologie.</p></blockquote>

  62. 

  63. <p>Donc voila, ça rassemble beaucoup de domaines de la biologie, voire tous&nbsp;!</p>

  64. 

  65. <p>Alors comment faire comprendre à quelqu'un ce que c'est concrêtement&nbsp;? Le seul moyen est de donner des exemples, et là il faut être pertinent et compréhensible. J'en ai retenu deux qui me semblent assez simples mais si vous en voulez plus, c'est possible :-).</p>

  66. 

  67. <h2>Bio-informatique et phylogénétique</h2>

  68. 

  69. <p>Alors dans un premier temps il faut bien comprendre ce qu'est la phylogénétique&nbsp;: c'est l'étude des espèces de façon établir leur parenté au cours de l'évolution. Prenons un cas concrêt, l'arbre phylogénétique humain. On sait qu'il contient dans ses ramifications le chimpanzé et le gorille. Néanmoins, il faut déterminer lequel de ces grands singes est le plus proche de nous et donc lequel possède un ancêtre commun qui est le plus récent, en effet si on représente cet arbre de la façon suivante&nbsp;:</p>

  70. 

  71. <p><img src="/static/david/biologeek/images/arbre_phylogenetique.png" alt="Arbre phylogénétiquede l&#039;homme, du chimpanzé et du gorille" style="display:block; margin:0 auto;" /></p>

  72. 

  73. <p>on constate que dans l'hypothèse où le chimpanzé serait plus proche de nous, il aurait un ancêtre commun à l'homme plus récent que l'ancêtre commun à l'homme et au gorille. Pour arriver à une telle conclusion, il va falloir calculer la distance génétique qui sépare chacunes des espèces et ce à l'échelle moléculaire, c'est-à-dire en comparant les <abbr title="Acide Désoxyribo Nucléique">ADN</abbr> des trois espèces. Et c'est là que l'informatique  de bio-informatique entre en jeux :-). En effet, pour réaliser le calcul de ces distances génétiques il va falloir réaliser des alignements multiples de séquences d'<abbr title="Acide Désoxyribo Nucléique">ADN</abbr>, ce qui est impossible à faire sans l'aide de l'outil informatique qui permet de confronter des milliers de séquences. Une fois ces distances établies et rangées sous forme de matrice, il faut encore se servir de l'informatique pour réaliser l'arbre selon une méthode précise (dans le cas où il y a de nombreuses espèces à comparer bien sûr, dans notre exemple c'est réalisable à la main, et pour information, l'arbre présenté est le bon ;-) ).</p>

  74. 

  75. <h2>Bio-informatique et modélisation moléculaire</h2>

  76. 

  77. <p>Encore une fois, juste un exemple de ce qui peut être réalisé en bio-informatique&nbsp;: étudier <em>in silico</em> le repliement d'une protéine. Alors tout d'abord quel intérêt&nbsp;? Il faut savoir que de nombreuses maladies sont dues à un mauvais repliement de certaines protéines essentielles à certaines fonctions donc en comprenant les mécanismes de repliement des protéines, on espère pouvoir guérir ces maladies.</p>

  78. 

  79. <p>Alors, comment ça marche&nbsp;? On part de la protéine (actuellement plutôt du polypeptide car c'est plus petit) totalement dépliée, donc d'une suite d'acides aminés que l'on "plonge virtuellement" en solution aqueuse. Puis on soumet les atomes de ces acides aminés à des forces qui, associées aux forces inter-atomiques, vont amener la protéine à se replier. Maintenant que le principe est bien compris, quelle est la part de traitement informatique&nbsp;? En fait, l'ordinateur recalcule à chaque mouvement d'atome les forces qui lient cet atome à tous les autres atomes de la protéine ainsi qu'aux molécules d'eau environnantes de façon à déterminer se nouvelle position dans l'espace. Inutile de préciser que de tels calculs de repliement sont actuellement très coûteux en temps puisqu'une telle simulation peut durer 6 mois avec les ordinateurs les plus puissants du marché&nbsp;!</p>

  80. 

  81. <p>Donc en guise de conclusion, j'espère avoir été plus clair que la <a href="https://larlet.fr/david/biologeek/archives/20040930-la-bio-informatique-bioinfo-pour-les-intimes-definitions-et-applications/">dernière fois</a> :-), n'hésitez pas à poser des questions dans les commentaires si vous ne comprenez pas très bien un des points ou si vous voulez en savoir plus&nbsp;!</p>

  82.       </div>

  83.     </article>

  84.     <footer>

  85.       <h6 property="schema:datePublished">— 16/01/2005</h6>

  86.     </footer>

  87.   </section>

  88.   <section>

  89.     <div>

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  95.       </ul>

  96.     </div>

  97.   </section>

  98.   <section>

  99.     <div id="comments">

  100.       <h3>Commentaires</h3>

  101.       

  102. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  103.     <p class="comment-meta">

  104.         <span class="comment-author" property="schema:creator">Julot</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">17/01/2005</span> :

  105.     </p>

  106.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  107.         <p>Et l'analyse de données alors ????</p>

  108.     </div>

  109. </div>

  110. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  111.     <p class="comment-meta">

  112.         <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">17/01/2005</span> :

  113.     </p>

  114.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  115.         <p>L'analyse de données n'est-elle pas omniprésente dans les exemples donnés ? ;-)<br />

  116. <br />

  117. Si tu veux faire un paragraphe spécifique là-dessus, il n'y a aucun problème : soit mail, soit commentaires... toute contribution est la bienvenue ^^</p>

  118.     </div>

  119. </div>

  120. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  121.     <p class="comment-meta">

  122.         <span class="comment-author" property="schema:creator">olivier</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">20/01/2005</span> :

  123.     </p>

  124.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  125.         <p>Je trouve que c'est une bonne définition, dès que l'on me demandera (moi même étant également en DESS de bioinformatique), qu'est-ce que la bio-informatique, je n'hésiterais pas à donner cette adresse.<br />

  126. <br />

  127. J'avais aussi le même problème pour expliquer que la biochimie c'est totalement différent de la chimie.</p>

  128.     </div>

  129. </div>

  130. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  131.     <p class="comment-meta">

  132.         <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">20/01/2005</span> :

  133.     </p>

  134.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  135.         <p>Wow, là je suis vraiment flatté ! Et oui, c'est souvent assez dur de donner une idée de ce qu'est une discipline à cheval sur deux domaines...<br />

  136. <br />

  137. Heureux de ta visite olivier, au fait, simple curiosité, tu as connu ce site comment ?</p>

  138.     </div>

  139. </div>

  140. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  141.     <p class="comment-meta">

  142.         <span class="comment-author" property="schema:creator">Roievil</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">07/11/2005</span> :

  143.     </p>

  144.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  145.         <p>Salut Titus, moi je me pose une question, pourquoi as tu choisi le terme bio-informatique, de même que wikipedia d'ailleurs. Alors qu'il me semble que c'est bioinformatique qui est le plus usité (cf google). Je trouve dommage qu'il y ait du flou la dessus, qu'en penses tu?<br />

  146. <br />

  147. J'ai connu ton site en tapant journal bioinformatique dans google et tu es troisieme, félicitation<br />

  148. <br />

  149. a+<br />

  150. <br />

  151. Olivier</p>

  152.     </div>

  153. </div>

  154. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  155.     <p class="comment-meta">

  156.         <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">07/11/2005</span> :

  157.     </p>

  158.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  159.         <p>Salut Roievil,<br />

  160. <br />

  161. On peut lire sur wikipedia :<br />

  162. Note: L'orthographe bioinformatique, sans trait d'union, est erronée et est calquée de l'anglais bioinformatics.<br />

  163. <a href="http://fr.wikipedia.org/wiki/Bio-informatique" title="http://fr.wikipedia.org/wiki/Bio-informatique">fr.wikipedia.org/wiki/Bio...</a><br />

  164. <br />

  165. C'est ce qui m'a fait pencher pour le terme de bio-informatique et non bioinformatique mais il est vrai que bioinformatique est plus couramment employé du fait de la traduction « littérale » plus naturelle.<br />

  166. <br />

  167. En tout cas ça n'a pas trop l'air de nuire au référencement du site ;)</p>

  168.     </div>

  169. </div>

  170. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  171.     <p class="comment-meta">

  172.         <span class="comment-author" property="schema:creator">féliciano</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">07/05/2006</span> :

  173.     </p>

  174.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  175.         <p>slt les gars.je peux vous dire que je ne comprends rien à tous ceci, mais je voudrais juste savoir réellement ce qu'est la bioinfo car je compte me lancer dedans après mon BAC</p>

  176.     </div>

  177. </div>

  178. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  179.     <p class="comment-meta">

  180.         <span class="comment-author" property="schema:creator">Biologeek : Ubuntu, bio-informatique et geekeri...</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">15/05/2006</span> :

  181.     </p>

  182.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  183.         <!-- TB -->

  184. <p><strong>Bilan sur la bio-informatique</strong></p>

  185. <p>Ma formation se termine et après deux années de bio-informatique, j'ai acquis un peu plus d'expérience dans le domaine d'où une révision des précédents billets. Ce billet sera aussi l'occasion de faire un bilan sur ma formation et ses perspectives.</p>

  186.     </div>

  187. </div>

  188. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  189.     <p class="comment-meta">

  190.         <span class="comment-author" property="schema:creator">Dega</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">01/05/2007</span> :

  191.     </p>

  192.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  193.         <p>Bonjour,<br />

  194. <br />

  195. J'aimerai amener mes réflexions sur ce sujet (je suis en M1 de biotechnologies pour faire un M2 de bioinfo)<br />

  196. <br />

  197. La bioinformatique (ah tiens, moi non plus je ne mets pas de tirets) en elle-même ne peut pas exister seule. Elle est née parce que la biologie de maintenant à besoin de la puissance informatique.<br />

  198. Notamment, pour la modélisation moléculaire. Les techniques type RMN, cristallographie aux Rayons X, etc sont des bases pour avoir les données utiles à la modélisation. C'est long et compliqué (voire même ne donne pas de résultat) de faire une modélisation à partir de rien. <br />

  199. <br />

  200. Et pour finir, un constat quelque peu déprimant (brossé par mon prof de bioinfo) : au jour d'aujourd'hui, peu de bioinformaticiens sont engagés en tant que tel. Ils sont certes à cheval sur deux disciplines, mais n'appartiennent de ce fait réellement ni à l'une, ni à l'autre. Les mentalités françaises n'ont pas encore évolué, les labos préfèrent encore utiliser des informaticiens pour leurs besoins, et n'ont pas encore totalement recourt aux bioinformaticiens (pourtant formés pour ça). Mais il faut se dire que ça va changer ;)<br />

  201. <br />

  202. <br />

  203. P.S. j'ai découvert ce site il y a peu (en cherchant sur google python et ubuntu), et je prend plaisir à lire tous les billets, depuis le début, ce qui explique cette petite spéléo.</p>

  204.     </div>

  205. </div>

  206. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  207.     <p class="comment-meta">

  208.         <span class="comment-author" property="schema:creator">shariffa</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">15/01/2008</span> :

  209.     </p>

  210.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  211.         <p>Bonjour,<br />

  212. Je suis très interressée par tous les billets de ce blog... et je dois dire que cette définition est très simple et compréhensible par le commun des mortels lol. J'ai fais une année de bio-informatique (à Aurillac) après mon bac mais malheureusement pour moi, la biochimie n'a pas été très généreuse avec moi :p. Je me suis alors redirigée vers l'informatique et maintenant je suis en Master 2 de génie maths et info à l'ile de la Réunion et je m'interesse aux technologies du web. Notamment au web sémantique. Vous allez me dire : wow quel changement radical ! Mais non, je rejoins maintenant pour mon projet d'étude et de thèse à la bio-informatique et aux applications du web sémantique pour le développement et l'accès aux données biologiques par le web.... hihihihihi, alors je voulais vous remercier pour avoir créé ce blog très interessant, dans lequel j'apprends énormément de choses. <br />

  213. Au fait, je suis tombé sur ce site en tapant les mots clés bioinformatique et sémantique hihihihi.<br />

  214. Bonne continuation !</p>

  215.     </div>

  216. </div>

  217. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  218.     <p class="comment-meta">

  219.         <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">17/01/2008</span> :

  220.     </p>

  221.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  222.         <p>Bonjour shariffa, bienvenue sur ce site, elle a l'air super intéressante ta thèse :-).</p>

  223.     </div>

  224. </div>

  225. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  226.     <p class="comment-meta">

  227.         <span class="comment-author" property="schema:creator">rezgui </span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">14/07/2008</span> :

  228.     </p>

  229.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  230.         <p>salut ,<br />je fait mon projet de fin d&#39;etude sur la bioinformatique ,je ne sais pas grand chose dans le domaine et mon encadreur me demande pour lui faire une présentationn sur ce truc alors s&#39;il vous plait aidez moi . merci d&#39;avance</p>

  231.     </div>

  232. </div>

  233. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  234.     <p class="comment-meta">

  235.         <span class="comment-author" property="schema:creator">Marino</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">12/11/2009</span> :

  236.     </p>

  237.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  238.         <p>Ah merci!!enfin une explication précise mais claire de ce que peut etre la bioinfo!!moi qui suis une éternelle littéraire et qui sort avec un éternel bio informaticien qui peine à être totalement clair sur sa discipline!!</p>

  239.     </div>

  240. </div>

  241. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  242.     <p class="comment-meta">

  243.         <span class="comment-author" property="schema:creator">tchapda tchamo sedry yannick</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">23/03/2010</span> :

  244.     </p>

  245.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  246.         <p>bonjour je suis etudient en biologie animale je suis en 3eme année licence j&#39;aimerai faire la bioinformatique pas non seulement pour gagner ma vie mais je suis aussi un passionné j&#39;aime la biologie et je suis un passionné de l&#39;informatique Dieu merci j&#39;ai trouvé en fin la fusion des deux j&#39;aimerai que vous m aidiez et orientez en attendant je vous encourage et je vous felicite je reponds au +23794264651 ou +23776673231 </p>

  247.     </div>

  248. </div>

  249. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  250.     <p class="comment-meta">

  251.         <span class="comment-author" property="schema:creator">inza</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">30/03/2010</span> :

  252.     </p>

  253.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  254.         <p>slt à tous. Je voudrais que vous m&#39;aidiez à m&#39;orienter. Je suis titulaire d&#39;une licence en informatique. Je voudrais faire des études en bio-informatique. Mais le problème c&#39;est que je connais rien en ce qui concerne les études biologiques. Dois-je m&#39;inscris dans quelle cycle ? Au premier ou au second cycle.</p>

  255.     </div>

  256. </div>

  257. <div class="comment" typeof="schema:UserComments">

  258.     <p class="comment-meta">

  259.         <span class="comment-author" property="schema:creator">Misty</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">13/12/2010</span> :

  260.     </p>

  261.     <div class="comment-content" property="schema:commentText">

  262.         <p>Le métier de bio-informaticien est-il porteur dans tous les pays du monde?<br />Un bio-informaticien peut-il par exemple exercer en Afrique ou dans un organisme international comme l&#39;ONU??</p>

  263.     </div>

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  273.           <small>

  274.             Je réponds quasiment toujours aux <a href="m&#x61;ilto:d&#x61;vid%40l&#x61;rlet&#46;fr" title="Envoyer un email">emails</a> (<a href="/david/signature/" title="Ma signature actuelle avec possibilité de chiffrement">signés</a>) et vous pouvez me rencontrer à Montréal. <span class="more-infos">N’hésitez pas à <a href="/david/log/" title="Être tenu informé des mises à jour">vous abonner</a> pour être tenu informé des publications récentes.</span>

  275.           </small>

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  283.   

  284.   <script data-no-instant>InstantClick.init()</script>

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