larlet-fr-david/david/biologeek/archives/20051017-parser-un-fichier-pdb-en-python-facilement-et-efficacement/comments.html

<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Martin</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">18/04/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonsoir<br />
<br />
Merci beaucoup pour partager ce &quot;bout&quot; de code... Maintenant, moi la seule chose que je veux est 'spliter' un PDB en ces chaines (A, B, C, etc).  Si je prends vos classes et je met le print suivant: <br />
<br />
print PDB['ATOM']['C'].get_coordinates()[:10]<br />
<br />
j'obtient:<br />
<br />
 #####<br />
$ ./PDBparser.py 1RJD.pdb<br />
Traceback (most recent call last):<br />
  File &quot;./PDBparser.py&quot;, line 64, in ?<br />
    print PDB['ATOM']['C'].get_coordinates()[:10]<br />
NameError: name 'PDB' is not defined<br />
<br />
#####<br />
<br />
des idees ? merci encore!<br />
martin<br />
<br />
 [mgrana_at_gmail.com]</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">19/04/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Il faut d'abord créer une instance de PDBParser de la manière suivante dans le code :<br />
<br />
PDB = PDBParser(open(&quot;1SDK.pdb&quot;))<br />
<br />
Bon je suis d'accord c'est pas très pratique (surtout qu'à la dernière mise à jour les archives ont sautées :/) et il faut que je documente beaucoup mieux tout ça. À l'époque je ne savais pas le faire mais maintenant oui :)<br />
<br />
Je mettrais à jour prochaînement le billet avec de la documentation agile.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Jerome Pansanel</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">30/04/2007</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Est-ce que vous avez pensé à utiliser cette classe pour écrire un outil permettant de préparer une protéine pour un docking ?</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">30/04/2007</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Non, cette bibliothèque est un peu à l'abandon en fait... mais bon le format pdb évolue peu donc elle est toujours utilisable.<br />
<br />
Si vous avez des suggestions d'améliorations, n'hésitez pas, je peux les publier ici.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Yann</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">21/06/2009</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Salut,</p>

<p>je suis un développeur Python qui dispose de pas mal de temps libre devant lui et j&#39;aimerai bien jouer un peu avec les protéines. Léger problème : je manque cruellement de culture générale (pour l&#39;instant) à ce sujet.</p>

<p>Par où (quelle documentation) pensez-vous que je devrais commencer pour, à terme, comprendre quelle protéïne fait quoi et pourquoi.</p>

<p>Merci :)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">23/06/2009</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Hello Yann,</p>

<p>Question difficile :)</p>

<p>En fait ça dépend un peu de ta façon d&#39;apprendre, il y a 3 options à mon avis :</p>

<p>* une formation, coûteux mais si les formateurs sont intéressants ça peut faire gagner un temps fou.<br />* un livre, je sais que &quot;le Campbell&quot; (du nom de son auteur) était notre bible en prépa. Mais il doit sûrement y avoir un peu plus accessible pour commencer.<br />* internet, les articles de wikipedia sont à mon avis un bon point de départ.</p>

<p>Il y aurait peut-être une 4ème option qui serait de rencontrer des biologistes qui sont souvent intarissables sur le sujet et qui combineraient les 3 ;-).</p>

<p>Bon courage !</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Maamri sarra </span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/10/2009</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>bonjour ,<br />est ce que je peu avoir votre aide pour utilisé la classification CATCH dans le site PDB :et comment je lit les resultats</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/10/2009</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Si le problème est suffisamment bien décrit pourquoi pas, puis ça te permettra peut-être de trouver la solution par toi-même d&#39;essayer de le formuler :-)</p>
    </div>
</div>