Le seul problème c'est que la science avance, de nouveaux concepts apparaissent et donc les ontologies sont rapidement dépassées... Il faut tenir compte des différences de vocabulaire (ex: gène en biologie moléculaire et gène en génétique des pop). D'ailleurs n'y a t'il pas dans GO une catégorie pour les termes obsolètes!
Les biologistes sont loin d'être en retard dans l'utilisation des ontologies et du Web sémantique dans leur travail quotidien. J'en veux pour preuve le fait que le meilleur outil pour créer et gérer des ontologies, Protégé (protege.stanford.edu/ ) a été développé par un institut de médecine et l'existence du groupe "Health care and life sciences" au sein de l'activité Semantic Web du W3C (www.w3.org/2001/sw/hcls/ ).
A propos des ontologies, j'avais écrit quelques billets qui pourront peut-être compléter les références que tu as données : lespetitescases.net/defin... ; lespetitescases.net/l-ont... ; lespetitescases.net/appri... et lespetitescases.net/appri...