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  <title>★ Biobuntu : un live CD pour la bio-informatique — Biologeek — David Larlet</title>
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  <section>
    <h1 property="schema:name">★ Biobuntu : un live CD pour la bio-informatique</h1>
    <article typeof="schema:BlogPosting">
      <div property="schema:articleBody">
        
        <p>Suite à la discussion occasionnée par le test de <a href="http://gistlabs.homelinux.net/Knosciences/index.html">KnoSciences</a> par Play, je me suis mis à réflechir à l'intérêt d'un tel CD. Il se trouve qu'actuellement, les seules distributions en LiveCD qui sont axées sur une utilisation scientifique le sont plutôt dans le domaine des mathématiques ou de la physique</p>

<p>Voici celles que je connais, liste non exhaustive bien entendu&nbsp;:</p>

<ul>
<li><a href="http://www.univ-pau.fr/Artouste/">Artouste</a></li>
<li><a href="http://www.freeduc-sup.eu.org/rubrique.php3?id_rubrique=21">Freeduc</a></li>
<li><a href="http://gistlabs.homelinux.net/Knosciences/index.html">KnoSciences</a></li>
<li><a href="http://www.libersciences.net/">Libersciences</a> (là ce n'est pas un LiveCD mais plutôt l'étape suivante et ça rejoint un <a href="https://larlet.fr/david/biologeek/archives/20041001-le-web-arriverait-il-a-maturite/">billet précédemment écrit</a>)</li>
<li><a href="http://bioknoppix.hpcf.upr.edu/">BioKnoppix</a></li>
<li><a href="http://www.vigyaancd.org/">Vigyaan</a></li>
</ul>

<p>Aucune de ces distributions ne répond à l'attente que j'ai d'un LiveCD scientifique, soit il manque un langage de programmation essentiel, soit il manque un programme qui ne sert qu'aux bio-informaticiens (type rasmol,...). J'ai donc décidé de créer un LiveCD qui soit spécifique à la bio-informatique.</p>

<p>Pour cela, je vais bien entendu utiliser Ubuntu, d'autant qu'une telle réalisation est <a href="http://www.ubuntulinux.org/wiki/LiveCDCustomizationHowTo/">bien documentée</a> sur le <a href="http://www.ubuntulinux.org/">site officiel</a>. Il reste maintenant à définir le contenu de ce LiveCD et c'est là où je vais avoir besoin d'aide, voila les logiciels que je trouve déjà indispensables&nbsp;:</p>

<ul>
<li>Programmation
<ul>
<li>C/C++</li>
<li>Perl ( + BioPerl)</li>
<li>Python ( + BioPython)</li>
<li>Java ( + BioJava)</li>
<li>R</li>
<li><del>Matlab</del> Scilab, son cousin est payant...</li>
</ul></li>
</ul>

<ul>
<li>Bureautique
<ul>
<li>Openoffice</li>
<li>LaTeX</li>
<li>Xpdf</li>
</ul></li>
</ul>

<ul>
<li>Internet
<ul>
<li>Firefox (+ extensions appliquées à la bio-informatique)</li>
<li>Thunderbird</li>
</ul></li>
</ul>

<ul>
<li>Multimédia
<ul>
<li>K3B</li>
<li>GIMP</li>
<li>gThumb</li>
</ul></li>
</ul>

<ul>
<li>Par domaines
<ul>
<li>Modélisation moléculaire
<ul>
<li>rasmol</li>
<li>PyMOL</li>
<li>gnuplot</li>
<li>Cn3D</li>
<li>GROMACS</li>
<li>Garlic</li>
<li>Raster3D</li>
<li>TINKER</li>
</ul></li>
<li>Neurosciences computationnelles
<ul>
<li>NEURON</li>
<li>PDP++</li>
<li>NSL</li>
</ul></li>
<li>Bio-informatique génomique
<ul>
<li>Artemis</li>
<li>ClustalX</li>
<li>EMBOS tools</li>
</ul></li>
<li>Phylo-génétique
<ul>
<li>NJPlot</li>
<li>SMILE</li>
</ul></li>
<li>Analyse d'Images Numériques
<ul>
<li>ImageJ</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>

<ul>
<li>Autres
<ul>
<li>Open Babel</li>
</ul></li>
</ul>

<p>N'hésitez pas à laisser un commentaire si vous trouvez qu'il manque un logiciel qui vous sert dans la liste (celle-ci sera remise à jour en fonction des commentaires). Ceux sus-cités sont le fruit de ma petite expérience...</p>

<p>Concrètement, le but de ce LiveCD sera de pouvoir travailler sur n'importe quelle machine, elle pourra donc être utile aux étudiants ou aux chercheurs qui n'ont pas accès à leur ordinateur pendant une longue période (vacances,...) mais qui souhaitent tout de même travailler (oui je sais c'est mal ;-) ). Biobuntu pourra aussi permettre aux professeurs d'initier leurs étudiants à Linux et de leur faire découvrir le monde du logiciel libre par l'exemple, voire de leur distribuer le LiveCD au début de l'année pour qu'ils disposent de tous les outils dont ils auront besoin.</p>

<p>Voila pour l'instant les bases du projet sont posées, n'hésitez pas à me contacter si vous voulez participer&nbsp;!</p>

<p><strong>[edit]</strong>&nbsp;: il faut aussi que je rajoute les logiciels contenus dans <a href="http://www.dnalinux.com/index.php?option=content&amp;task=view&amp;id=21&amp;Itemid=25">DNALinux</a> mais que je recherche d'abord à quoi ça correspond donc je le ferai au moment où je ferai les liens de toute la liste :-).</p>
      </div>
    </article>
    <footer>
      <h6 property="schema:datePublished">— 25/01/2005</h6>
    </footer>
  </section>
  <section>
    <div>
      <h3>Articles peut-être en rapport</h3>
      <ul>
        <li><a href="/david/biologeek/archives/20081209-choisissez-votre-avenir/" title="Accès à ★ Choisissez votre avenir">★ Choisissez votre avenir</a></li>
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      </ul>
    </div>
  </section>
  <section>
    <div id="comments">
      <h3>Commentaires</h3>
      
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">olivier</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Les modules biopython, bioperl et même biojava, pour automatiser certains processus d'analyse, non ?</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>En effet, c'était sous-entendu mais je les ai rajoutés, merci de ta contribution :-)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Play</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Salut Titus !<br />
<br />
Excellente idée !!! Je connais trop peu la bioinformatique pour te proposer des applications. Mais bravo pour l'idée. Je suis impatient de voir le résultat.<br />
<br />
A+</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">27/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Merci pour tes encouragements Play ! (je compte sur toi si j'ai des questions techniques ;-) )</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Play</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">28/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>N'hésite pas ! :) </p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Julot</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">28/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>je pinaille mais dans ta liste, Pymol apparait 2 fois<br />
et si la place est un élément limitant il n'est peut etre pas indispensable de mettre rasmol ET pymol</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">28/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Ok pour Pymol c'est corrigé.<br />
<br />
En ce qui concerne ces deux logiciels, lequel préfères-tu ? ;-)<br />
<br />
J'ai une préférence pour rasmol car il y un paquet tout prêt dans ubuntu mais je ne vais pas faire mes choix en fonction des paquets !</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Kévin</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">30/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Logiciels intéressants , voici les références sous Windows :<br />
- Minitab : modélisation statistique appliquée à la bio<br />
- Prosite / Swissprot : banques de données pour la biochimie, génétique, et biologie moléculaire (sites Internet)<br />
- Oxheart : logiciel d'expérimentation in vivu , physiologie animale (disponible uniquement à l'université d'Oxford en théorie)<br />
- Multifit : cinétique enzymatique<br />
- Cricket graph  : cinétique enzymatique également<br />
- Microcal Origin : grapheur scientifique (pharmacie / réceptologie)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Julot</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">31/01/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Perso je préfère rasmol car il est ultra simple d'utilisation et que je n'ai jamais eu le courage de me pencher sur Pymol ;-)<br />
Il parait que Pymol est mieux ....</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">01/02/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>@Kévin : en effet, ces logiciels ont l'air intéressants mais ils ne sont pas libres et ne sont pas portables sous Linux... je vais essayer de trouver des équivalents :-)<br />
<br />
@Julot : ok, il a aussi VMD, je verrais selon la place qu'il reste en fait parce qu'ils ne prennent pas trop d'espace finallement !</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Kévin</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">01/02/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Oui, ils sont intéressants, et surtout essentiels en pharmaco / physiologie / etc.<br />
Tu peux me tenir au courant si tu trouves les équivalents de ces logiciels en libre ?</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Julot</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">02/02/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>A mon avis<br />
pour des equivalents de Minitab, Multifit, Cricket grah et Microcal Origin, ya le bon vient R des chaumières ;-)<br />
Deja de base il est bien pour les plot et les analyses stats, mais si tu veux un truc plus spécifique à un domaine ce serait bien le diable s'il n'y avait pas un pti package disponible ...</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">gist</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">11/03/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
Je suis celui qui oeuvre derrière la Knoscience et je trouve ton post très intéressant. Particulièrement la liste des logiciels libres utilisables en Biologie. J'y rajouterais le logiciel JAVA Populus : <a href="http://www.cbs.umn.edu/populus/" title="http://www.cbs.umn.edu/populus/">www.cbs.umn.edu/populus/</a><br />
<br />
Le choix des logiciels de la knosciences  dépend principalement des logiciels que je connais en Physique/Chimie et de ceux que connais ma collègue en Math. Il nous manque un Biologiste dans notre groupe. (Contacte moi :-)<br />
La place sur le CD est aussi un facteur non-négligeable.<br />
<br />
Je pense migrer prochainement la knosciences vers un CD live Ubuntu parceque la reconnaissance du matériel est aussi bonne que celle de la knoppix et qu'il serait possible de faire un CD live knosciences PPC<br />
<br />
Cependant, l'environnement gnome ne devrais pas être le bureau par défaut d'une distribution généraliste scientifique (Beaucoup trop lourd pour la majorité des postes en collègue et Lycée). Xfce4 ou Rox Desktop sont plus apropriés</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">11/03/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Je suis très intéressé, je te contacte :-)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Claude</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">06/04/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
je ne connais vraiment rien à la biotruc...;o)<br />
Mais d'avance, mettre en avant les logiciels libres sur des sujets pointus, je trouve celà vraiment génial. Et l'idée de séduire des profs qui pourraient distribuer des CD aux élèves en début d'année l'est encore plus!<br />
bravo, et merci pour le libre!<br />
Les libéraux ne te le rendront pas,<br />
Mais la liberté n'a plus le temps d'attendre!<br />
<br />
Anticonstitutionnellement vôtre<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">06/04/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Je suis très heureux de susciter une telle réaction !<br />
Merci, c'est ce type de commentaires qui me fait avancer :)<br />
<br />
Humainement,</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Marc</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">28/06/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Il reste un gros problème : faire touner SCILAB sous Ubuntu.<br />
Deux merveilleux produits.<br />
Officiellement, il y a un package SCILAB dans les dépôts Ubuntu.<br />
Mais si quelqu'un de motivé et compétent et ayant un peu de temps pouvait faire que ça marche (problème de dependencies?) il serait encensé (enfin... n'exagérons pas) par la communauté scientifique. </p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Jay</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">01/09/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Sorry, I cannot write French (but I understand it). It would be great if you could include Arb (<a href="http://arb-home.de/" title="http://arb-home.de/">arb-home.de/</a>) and Staden (<a href="https://dna.biotech.wisc.edu/Staden.html" title="https://dna.biotech.wisc.edu/Staden.html">dna.biotech.wisc.edu/Stad...) </a> and if this would be installable on the hard drive.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">bionux</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">25/09/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>quand allez-vous sortir cette distrib, cela pourrait être bien de tester...<br />
<br />
merci</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Endorphine</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">07/10/2005</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>+1 ! ;)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Fab</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">10/01/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
<br />
Je suis tombé par hasard sur cette discussion que je trouve très intéressante. Dans la liste, j'ajouterai R (pour les stats ca me parait bien vu tout les packages qui existent, ca peut valoir le coup de l'inclure)<br />
<br />
C'est long pour développer un tel projet ?<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">10/01/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour Fab,<br />
<br />
Par hasard ou en cherchant un poste ? ;) Bon trève de plaisanterie, R était déjà listé dans « Programmation » tout là haut car c'est vrai que c'est bien pratique en bio-informatique (même si j'ai découvert que l'interfaçage de Python avec matplotlib était beaucoup plus puissant au niveau du graphisme et de la malléabilité des graphes générés).<br />
<br />
Concernant la durée de développement, tout dépend des compétences initiales, dans tous les cas il est conseillé de contacter gist (plus haut dans les commentaires) qui a de plus amples compétences pour répondre à cette question que moi.<br />
<br />
Devant l'engouement que suscite le post je suis en train de reconsidérer ma position actuelle mais bon ça va attendre au moins février tout ça.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">maceo</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">12/01/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>treeview, seaview, phylip et ... acrobat reader. Xpdf n'est malheureusement pas toujours capable de tout lire.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Joël</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">12/01/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonsoir,<br />
Ce projet est excellent, il me tarde de le tester. Les applications suivantes me semblent importantes:<br />
Treeview, seaview, readseq, perlpcr.... et pouquoi pas Bzflag? ;-)<br />
Sincèrement</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">ludo</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">17/01/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
Excellentissime idée de faire un CD Live pour les bioinformaticiens!Mais une question: Pourquoi Ubuntu? <br />
Ce serais bien de rajouter des outils d'alignements de séquences (T-COFFEE, DIALIGN-T, BLAST, FASTA, et ceux que je ne connais pas), des logiciels de prédiction de motifs par HMM.<br />
Quel site pourra-t-on utiliser pour avoir le LiveCD ?<br />
Bonne chance !!</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Hoxus</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">27/01/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Il serait utile de fournir avec bioperl les API d'Ensembl (<a href="http://www.ensembl.org/index.html" title="http://www.ensembl.org/index.html">www.ensembl.org/index.htm...</a> ,site bien connu des bioinformaticiens) qui propose d'interroger via un script Perl leur DB en direct.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">chicken78</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">09/02/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>C'est une bonne idée : mais existe-t-il des logiciels EXAO sous linux? </p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">09/02/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonne question, aucune idée :)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Lepto</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">22/02/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
<br />
A rajouter dans les distribution existantes et Bio: Biolinux <a href="http://envgen.nox.ac.uk/biolinux.html" title="http://envgen.nox.ac.uk/biolinux.html" rel="nofollow">envgen.nox.ac.uk/biolinux...</a><br />
<br />
Ils viennent de sortir un DVD Live et c'est basé sur Debian... Je n'ai pas encore eu beaucoup de temps pour tester... En tout cas, heureux de trouver un site qui peut regrouper des informations sur le libre et la bio :)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">bapoumba</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">22/02/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>salut :)<br />
je viens de voir aussi.<br />
le prob de la bio et des LL c'est que c'est surtout orienté analyse génomique, comparaison de séquences et structures des protéines. C'est un domaine en plein boum, c'est sûr, mais tout le monde ne s'y retrouve pas (et en particulier une physiologiste old-fashion comme moi :p).<br />
Dans ce cas on ne peut que se tourner vers des applis très commerciales et très chères, même pour l'enseignement...<br />
j'ai essayé de convaincre des collègues us de porter leur soft, qu'il distribuent gratuitement, vers linux <a href="http://www.luhs.org/depts/physio/personal_pages/bers_d/index.html" title="http://www.luhs.org/depts/physio/personal_pages/bers_d/index.html" rel="nofollow">www.luhs.org/depts/physio...</a><br />
ainsi qu'un autre qu'ils n'ont pas encore mis en ligne, mais c'est pas gagné !<br />
 </p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">blo06</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">04/03/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bon, ça a l'air d'intéresser du monde : où est ce qu'on downloade, afin qu'on puisse tester ?</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">hoioh</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">27/03/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Pas de réponse pour blo06 ??? Ca m'intéresse aussi de savoir où le télécharger ce livecd qui m'as l'air bien sympatoch' ... </p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">27/03/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Pour l'instant ce projet est en stand-by, ça pourrait changer dans 6 mois mais je pense que la knoscience : <a href="http://gistlabs.homelinux.net/wiki/doku.php?id=knosciences:welcome" title="http://gistlabs.homelinux.net/wiki/doku.php?id=knosciences:welcome" rel="nofollow">gistlabs.homelinux.net/wi...</a> reste la meilleure alternative pour la bio-informatique actuellement.<br />
<br />
Je n'ai pas forcément le temps de tout tester, n'hésitez pas à apporter votre témoignage ici ;-).</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">angelius</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">03/04/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Je trouve cette idée vraiment sensationnelle, surtout le côté relationnelle prof/étudiant. Etant donné que dans ma classe je suis le seul à m'interessé à &quot;l'univers &quot; du logiciel libre et à Ubuntu, j'aimerais bien essayer de faire partager ma faible connaissance à ma classe et à mes professeurs. <br />
En regardant les différents paquets dans Synaptic, j'ai découvert qu'il y en avait plusieurs pour la radioamateur et l'électronique, étant donné que je suis étudiant en elec, je serais interessé de faire le même genre de projet que toi mais porté sur l'electronique et la radioamateur.<br />
Peux-tu m'indiquer la &quot;procédure&quot; à suivre pour réaliser un live-cd stp ?<br />
je te remercie d'avance</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">03/04/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Comme mentionné dans le billet, la documentation pour faire un tel LiveCD se trouve sur le site officiel : <a href="https://wiki.ubuntu.com/LiveCDCustomizationHowTo/" title="https://wiki.ubuntu.com/LiveCDCustomizationHowTo/" rel="nofollow">wiki.ubuntu.com/LiveCDCus...</a><br />
<br />
Bon courage :)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">angelius</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">10/04/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>je te remerci bcp pour la réponse. et te souhaite bonne chance dans la réalisation de ton projet.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Katie</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">17/05/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Hi.<br />
<br />
Do the Ubuntu CDs (Breezy, etc) have bioperl pre-installed? If so, I couldn't find it. I'm using 5.10.<br />
<br />
Thanks.<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">18/05/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Katie :<br />
<br />
This CD is just a project and unfortunatly have never been done. All those comments really encourage me to take time to do it.<br />
<br />
Cheers.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">arno</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">20/05/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Tu veux faire un live-DVD bioinfo. Brillante idée.<br />
Voilà déjà l'existant, ToBiX: <a href="http://tunicata.techfak.uni-bielefeld.de/TOBIX/" title="http://tunicata.techfak.uni-bielefeld.de/TOBIX/" rel="nofollow">tunicata.techfak.uni-biel...</a><br />
Ce live CD est très bon. Blast et surtout beaucoup de logiciels pour la biologie des systèmes. Tu modélises des systemes autour du langage SBML (XML like). Beaucoup de liens sur la bioinformatique integrés dans le renard de feu. Je le recommande à tous les bioinformaticiens et étudiants bio.<br />
Il est surtout axé sur l'anotation, qui est l'escence de la bioinfo, c'est comme ça qu'on créer de l'information. Tous les logiciels bioinformatiques sont fait pour ça.<br />
Good luck</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">dav</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">28/05/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>sans rapport direct&gt;faudrait un livecd ubuntu orienté graphisme...grafpup m a convaincu qu'a moitié.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">pépère</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">11/06/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>euh... ma contribution va être très simple.<br />
<br />
 Mais je n'ai pas vu &quot;emacs&quot; et &quot;ess&quot; et autre joyeuseté (bon aller, vi aussi) dans la section bureautique... Je n'utiliserai jamais un live cd scientifique sans eux ! <br />
<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">11/06/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Ces logiciels sont inclus par défaut sous Ubuntu ;-)</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">18/07/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Je trouve cette idée excelente...<br />
Dans la liste des appli citées ci-dessous je n'ai pas vu d'applications de modélisation cellulaire comme e-cell, v-cell etc...<br />
<br />
voici le site de e-cell:<br />
<a href="http://www.e-cell.org/" title="http://www.e-cell.org/" rel="nofollow">www.e-cell.org/</a></p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Garfield</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">08/08/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonne idée. il manque cependant un logiciel de bibliographie. Perso je trouve Bibus très bien car il s'intègre avec open office</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">pab</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">24/08/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Salut<br />
bravo pour l'idée et merci pour tous.<br />
Je fais plustot de la biologie moléculaire et je siuis en train de chercher juste un logiciel libre et facile d'utilisation pour faire quelques manips tres simples (alignements, traduction, mutagénèse et production de figures) et je n'en trouve pas. Je ne sais pas si tu pensais en ajouter dans ton CD, mais je pense que des logiciels tels que DNA Strider (mac ) sont toujours utiles et pas vraiement lourds (je crois). Des logiciels d'analyse de séquence peuvent aussi être vraiement très intéressants.<br />
Là je suis en train de voir ce qui existe sous windows (Geneious, CLC, DNASIS max, MB advanced DNA analysis, DNA for windows, bioedit et bioline), je pourrais te donner un avis si tu penses qu'un de ces logiciels peut être intéressant à ajouter....?<br />
En tous cas merci de t'attacher à cette tâche, si je peux t'aider, mais je suis une quiche en informatique... desolé<br />
Pab</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">nico</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">28/08/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Excellente innitiative !<br />
Dans la liste des outils, je n'ai rien trouvé a propos de php et mySQL (apache ...)<br />
Je rajouterais le bon vieux editeur emacs pour la programmation.<br />
Niveau Bio-info génomique, en plus des outils EMBOSS, pourquoi MEME qui est surement l'outil le plus efficace pour la recherche de motifs.<br />
Et pourquoi pas Kile, qui est un éditeur LaTex qui simplifie bp les choses pour les personnes les moins habituées !<br />
<br />
<br />
<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">dkieffer</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">05/09/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Super ton idée!<br />
Comme IDE, il pourait y avoir Eclipse avec les plugIn correspondant... C/C++, TeXlipse..... C'est plus sympa que gedit ou Emacs...<br />
<br />
Pour la biomol, on utilise beaucoup &quot;ApE A Plasmid Editor&quot; dévellopé en TCL (et ouai c'est dans les vieux pots.....) pour faire des cartes de restriction.<br />
<br />
Sinon il y a JalView, un logiciel en java pour éditer les alignements multiples, qui est pas mal...<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">deltamoins</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">21/12/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
<br />
Je vois que le monde de la bio et de linux bouge pas mal, je me joins à la joie général pour ce genre de projet bien sûr ! <br />
Cependant je constate encore une fois que tout cela fournit uniquement les gens qui bossent sur les séquences. J'utilise pour ma part des marqueurs microsatellites (désolé si je suis has been...) et je ne trouve rien pour ce genre de marqueurs. Je suis donc obligé d'utiliser GeneMapper d'Applied Biosystems (sous Windows bien sûr !) et dans le genre logiciel propriétaire ils sont vraiment une caricature. J'essaye de chercher une alternative libre mais je ne trouve rien de rien...<br />
Est-ce que quelqu'un pourrait m'aider ?<br />
<br />
Merci d'avance et encore chapeau à tous ceux qui développent pleins de trucs !</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">librecono</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">21/12/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>J'arrive probablement après la bataille, mais je viens de voir que la Quantian ( <a href="http://dirk.eddelbuettel.com/quantian.html" title="http://dirk.eddelbuettel.com/quantian.html" rel="nofollow">dirk.eddelbuettel.com/qua...</a> ) n'est pas reprise dans la liste ci-dessus. Je pense qu'elle pourrait intéresser les biologistes et tout particulièrement les bio-statisticiens.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">deltamoins</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">22/12/2006</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>J'ai peut-être trouvé un logiciel qui permet d'analyser les microsatellites. Il s'appelle Genographer (<a href="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/)." title="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/)." rel="nofollow">hordeum.oscs.montana.edu/...</a> Je ne sais pas encore s'il fonctionne correctement avec des données qui sortent de n'importe quel appareil...<br />
Je vous tiens au courant.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">deltamoins</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">09/01/2007</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
<br />
Je vous donne l'état de mes recherches, ça peut intéresser d'autres personnes. Vu que le sujet est commencé, autant le &quot;terminer&quot; avec des infos.<br />
Deux logiciels libres existent qui offrent une alternative à GeneMapper :<br />
 - STRand développé par l'université de Davis en Californie (<a href="http://www.vgl.ucdavis.edu/informatics/STRand/index.html)" title="http://www.vgl.ucdavis.edu/informatics/STRand/index.html)" rel="nofollow">www.vgl.ucdavis.edu/infor...</a> mais il ne fonctionne que sous Windows et il ne traite pas les fichiers de données issus de tous les appareils de génotypage (notamment pas les plus récents).<br />
 - Genographer développé par l'université du Montana (<a href="http://hordeum.oscs.montana.edu/software/genographer/index.html)" title="http://hordeum.oscs.montana.edu/software/genographer/index.html)" rel="nofollow">hordeum.oscs.montana.edu/...</a> mais qui ne traite pas les fichiers de données de tous les appareils de génotypage dont les plus récents.<br />
Voilà l'état de ma recherche pour le moment. Je vais donc surement opter pour la solution émulation et installé WINE pour pouvoir installer le logiciel GeneMapper si ça marche...<br />
<br />
Merci encore pour votre aide.<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Thomas</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">20/03/2007</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Salut, <br />
j'arrive un peu tard, mais bon tant pis je me lance! Ne serait il pas intéressant d'y ajouter Apache et Tomcat (et Ant aussi) pour permettre un déploiement d'applications du genre d'UCSC?</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Stéphane</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">06/08/2007</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Salut, <br />
pour la phylogénétique pourquoi ne pas ajouter phylowin pour la reconstruction d'arbre et seaview pour l'alignement de séquences (du PBIL (<a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/" title="http://pbil.univ-lyon1.fr/" rel="nofollow">pbil.univ-lyon1.fr/</a>)). Il serait aussi interessant de reprendre Mr Bayes (<a href="http://mrbayes.csit.fsu.edu/" title="http://mrbayes.csit.fsu.edu/" rel="nofollow">mrbayes.csit.fsu.edu/</a>) car il ne me semble pas avoir vu ce type de programme dans la compilation prévue...<br />
</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Emy</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">26/08/2007</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Ce live CD est vraiment une bonne idée, j'espère que le projet tient toujours :) Bon courage en tout cas, et bonne continuation !</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">utodeb</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">14/11/2007</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour,<br />
J'arrive comme les derniers commentaires le stipulent après la bataille...<br />
Je sais pas si t'y a pensé mais il serait peut être sympa (user friendly comme les geek disent je crois) d'intègrer à R par default une interface graphique comme Rcommander qui est contenue dans les packages de R. Je ne pense pas que cela te serait difficile et le suis sur que cela facilite l'utilisation de ce logiciel qui est pas vraiment &quot;user friendly&quot; ;-)<br />
<br />
sinon très bonne initiative</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Tony Travis</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">29/02/2008</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>S’il vous plaît jeter un coup d'oeil à mon 'biobuntu ébauche à:<br />
<br />
   <a href="https://blueprints.launchpad.net/ubuntu/+spec/biobuntu" title="https://blueprints.launchpad.net/ubuntu/+spec/biobuntu" rel="nofollow">blueprints.launchpad.net/...</a><br />
<br />
S’il vous plaît soutenir cette initiative si vous êtes intéressé à mettre en place un projet sur Ubuntu bioinformatique &quot;Launchpad&quot;<br />
<br />
Merci, Tony.</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">David, biologeek</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">29/02/2008</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>@Tony : Excellent ! Merci d'avoir pris le temps de mener à terme ce projet. Je manque de motivation (et de temps) pour contribuer mais je suis heureux de voir que ça a aboutit.<br />
<br />
Bon courage pour la suite !</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Joseph</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">05/07/2008</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Ca fait un bout de temps que, du fait de mes études en bioinformatique, je suis confronté à l&#39;utilisation de Linux.</p>

<p>Je me souviens encore quand j&#39;ai découvert les BioKnoppix et Vygiaan CD, c&#39;était l&#39;euphorie. Ceci dit, je ne les ai jamais installé voire même jamais utilisée à des fins de recherche.</p>

<p>Maintenant que je travaille dans la bioinfo (Modélisation Moléculaire), je commence à douter de l&#39;intérêt de ces distributions spécialisées pour les professionnels : la diversité des logiciels n&#39;est pas représentative du travail qu&#39;un chercheur peut faire. (On va rarement du séquençage à la dynamique moléculaire en passant par la programmation).</p>

<p>Ceci dit, il est vrai que cela permet aux étudiants d&#39;avoir un environnement de travail avec &quot;tous&quot; les logiciels nécessaires.</p>

<p>Sinon en visualisation il y a aussi :<br />- Molegro ( <a href="http://www.molegro.com/mmv-product.php">http://www.molegro.com/mmv-product.php</a> )<br />- Molekel ( <a href="http://bioinformatics.org/molekel/wiki/">http://bioinformatics.org/molekel/wiki/</a> )<br />- Gabedit ( <a href="http://gabedit.sourceforge.net/">http://gabedit.sourceforge.net/</a> )</p>

<p>voila c&#39;était &quot;just my 2cts&quot;</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">Arnaud</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">28/05/2009</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Etant en m1 de bioinformatique , je dirai qu&#39;il manque un environnement pour développer en php,par exemple Lamp, ensuite je verrai Eclipse pour le Java, et pour la phylogénie je verrai bien Phylip, phyml.<br />Et pour les loisirs perso Blender :D. <br />ps : j&#39;adore ton blog</p>
    </div>
</div>
<div class="comment" typeof="schema:UserComments">
    <p class="comment-meta">
        <span class="comment-author" property="schema:creator">salut</span> le <span class="comment-date" property="schema:commentTime">13/03/2011</span> :
    </p>
    <div class="comment-content" property="schema:commentText">
        <p>Bonjour, je voudrais savoir ce qu&#39;il en ai du projet de liveCD bioinfo</p>

<p>A bientot</p>
    </div>
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            Je réponds quasiment toujours aux <a href="m&#x61;ilto:d&#x61;vid%40l&#x61;rlet&#46;fr" title="Envoyer un email">emails</a> (<a href="/david/signature/" title="Ma signature actuelle avec possibilité de chiffrement">signés</a>) et vous pouvez me rencontrer à Montréal. <span class="more-infos">N’hésitez pas à <a href="/david/log/" title="Être tenu informé des mises à jour">vous abonner</a> pour être tenu informé des publications récentes.</span>
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