# ★ Bilan sur la bio-informatique

Ma formation se termine et après deux années de bio-informatique, j'ai acquis un peu plus d'expérience dans le domaine d'où une révision des précédents billets intitulés « La bio-informatique (bioinfo pour les intimes), définitions et applications » et « La bio-informatique : l'informatique au service de la vie ». Ce billet sera aussi l'occasion de faire un bilan sur ma formation et ses perspectives.

## La bio-informatique Les bio-informatiques

La bio-informatique peut en effet être scindée en deux dominantes (même si parfois la limite est floue) qui elles-mêmes contiennent de nombreuses subdivisions.

### La bio-informatique à dominante recherche

C'est celle qui m'a été enseignée à la faculté, elle est composée de plusieurs sous-domaines :

- la dynamique moléculaire permettant par exemple de simuler numériquement le repliement d'une protéine ou son interaction avec une autre protéine.
- la phylogénie permettant de calculer le taux de similarité génomique entre deux espèces.
- ... (placer ici de nombreux termes en « omique », les exemples - très réducteurs - sont donnés à titre indicatifs)

Ces domaines sont passionnants si l'on se donne la peine de se plonger dedans. Du peu que j'ai pu en voir, cela demande une bonne dose d'autonomie et de persevérance. Mais l'enjeu en vaut la chandelle même si parfois on aimerait que les résultats soient plus... significatifs ;-).

### La bio-informatique à dominante professionnelle

C'est ce que je suis plus ou moins en train de découvrir. Pour information, je développe actuellement des plugins (faut-il préciser qu'ils sont en python ? :-) ) pour un logiciel regroupant les fonctions de LIMS et d'ELN (il faudrait que je fasse un billet détaillé là-dessus un jour, mais ça n'a pas vraiment sa place ici). Toujours est-il que je participe aussi à l'intégration du logiciel dans les laboratoires ce qui fait appel à mes connaissances en biologie (compréhension de la problématique de recherche, rédaction de cahiers des charges fonctionnels, adaptation du logiciel via le développement de plugins, formation sur leur réalisation,...).

Ce sont des fonctions, des responsabilités et des horaires totalement différentes d'une activité de recherche mais c'est très enrichissant aussi.

## Et les perspectives ?

Si vous souhaitez faire de la recherche, il va falloir être très motivé, mobile et ne pas avoir peur de la précarité (si vous avez récemment manifesté c'est mal parti, la recherche c'est un CNE presque à vie !).

Il va falloir aussi être patient et ne pas avoir envie de fonder une famille trop tôt. Pour information, il faut actuellement faire un master puis une thèse avec une bourse pas évidente à décrocher bien qu'elle ne soit pas vraiment juteuse et terminer (les « études ») par un post-doc de deux ans à l'étranger. Vous voila donc avec un bac+10 en poche avec une langue étrangère parlée couramment, vous vous dites « avec ça je vais vivre confortablement et heureusement car j'en ai bavé » et bien détrompez-vous, on vous propose en France des CDD de 24-36 mois dont les salaires sont franchement décevants (mais qui s'arrachent quand même).

Ce qui est dommage est que ma formation est justement orientée recherche... du coup je suis un peu aigri, normal. C'est l'une des raisons pour lesquelles j'ai choisi d'effectuer mon stage dans une entreprise. Nous sommes très peu nombreux à avoir emprunté cette voie qui était un peu l'inconnue (surtout pour nos enseignants en fait) mais je suis heureux d'avoir fait ce choix, ne serait-ce que pour comprendre le fonctionnement d'une petite structure.

Qu'en est-il de l'emploi en SSII orientées biotechnologies ? Là ça dépend beaucoup des entreprises, de leur taille et de leur gestion. D'après mes prospections et celles de mes collègues, il y a de l'emploi, mais malheureusement pas en bio-informatique (ou alors très peu et je n'ai pas frappé à la bonne porte ? Dans ce cas commentez !).

Finalement le bilan est plus que mitigé et j'espère ne pas avoir suscité trop de vocations (c'est une lourde responsabilité de bloguer des fois ;-) ). C'est vraiment dommage et même plutôt étrange, soit on m'a mentit en me répetant la bio-informatique allait exploser ces 5 prochaines années depuis 3 ans, soit les fonds de recherche alloués ne sont pas suffisants (du moins en France c'est sûr, on est en train de prendre un retard qui se paiera très cher tôt ou tard...), soit les investisseurs sont trop frileux, soit les entrepreneurs sont trop peu nombreux ou peut-être un peu de tout ça. J'ai l'impression que c'est un peu comme l'environnement, tout le monde est d'accord pour dire qu'il faut le protéger mais personne pour créer des postes.

Sur ce fond de déprime je vous laisse, j'ai un service Web 2.0 à monter.

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### Commentaires

ZeBob le 10/05/2006 :

>Finalement le bilan est plus que mitigé et j'espère ne pas avoir suscité trop de vocations (c'est une lourde responsabilité de bloguer des fois ;-)
T'inquiète pas, dans notre fac, nos profs et thésards nous ont bien expliqué leur parcours du combattant quotidien. Et les témoignages de post-doc devant refaire une licence (pro ou pas) pour avoir un travail pour manger ne manquent pas non plus.
>les fonds de recherche alloués ne sont pas suffisants (du moins en France c'est sûr
Tu veux vraiment rester en France pour faire de la recherche ?! Ce n'est pas suicidaire en ce moment ?

David, biologeek le 10/05/2006 :

> Tu veux vraiment rester en France pour faire de la recherche ?! Ce n'est pas suicidaire en ce moment ?
Si, c'est bien pour ça que je ne compte pas faire de recherche, du moins pour le moment.

pouype le 10/05/2006 :

Ben je suis bien d'accord avec tes conclusions (le reste aussi mais je connais pas alors ;-) ).
Peut-être que justement il faut créer les entretreprises qui vont avec ? C'est peut-être à notre génération de faire le pas ? Je me pose souvent cette question.
Personnelement c'est par rapport à l'environnement et au recyclage, mais j'avoue ne pas avoir (pour le moment ? ) les coucouniettes de faire le pas, préférant attendre de trouver une boîte qui m'embaucheras dans le domaine...
Bilan: je suis passé en SSII standard (banque, assurance, institution) et actuellement chez des éditeurs logiciel qui cherche à faire des sous avec du code qu'on pourrais fournir en open source :'(
Mais je désespère pas, il ne faut pas, c'est interdit ;-)

neolao le 10/05/2006 :

En tout cas, courage !

Tam le 10/05/2006 :

>J'ai l'impression que c'est un peu comme l'environnement, tout le monde est d'accord pour dire qu'il faut le protéger mais personne pour créer des postes.
Ben j'me demande comment on va manger dans cette maison...
Mais non on ne va pas déprimer tous ensemble ! Allez, du nerf ! Si on a pas trouvé, c'est qu'on a mal cherché !!!
PS : tu as oublié d'écrire "bourse" quand tu parle des thèses... elles sont trèèèèèès rares c'est vrai, mais pas une raison pour pas oser dire le mot !!! :p

Enro le 17/05/2006 :

Tiens, une offre d'emploi en bioinformatique dans une SSII... On ne sait jamais...
www.strathom.com/Offres/o... , cliquer sur "Rechercher" puis l'offre intitulée "Biologie"...

David, biologeek le 18/05/2006 :

Merci Enro :)

julien le 22/05/2006 :

Bonjour,
Je suis en formation Biologie-Evolution-Biométrie à la fac Lyon1 et je suis bien content de tomber sur un site comme le tiens que je prendrait certainement le temps de feuilletter de fond en combe à la fin de mes partiels ;-)
J'ai une petite remarque cependant concernant ta définition de la Bio-info orientée recherche que tu limite à 2 aspects :
- Dynamique moléculaire
- Phylogénie.
Je comprend parfaitement que les gros besoins actuels (surtout
généré par le flux énorme d'argent à la clé) sont axés sur la génétique, de part les immenses bases de données qui s'accumulent à un rythme exponentiel, mais dans ce domaine, les besoins conceptuels sont plutôt restreint et c'est principalement de la mains d'oeuvre dont on a besoin.
Il y a pourtant tant d'autres champs d'investigation qui demandent à être soutenus dans leurs efforts, car ce sont aussi les moins bien dotés financièrement et ceux qui font le plus appel à l'innovation.
Je voudrais ici faire un plaidoyer pour la modélisation informatique, et ses applications en biologie des populations, dynamique des écosystèmes, virologie, capture-marquage-recapture...
Bien sûr ce sont souvent des domaines où on a peu d'information, où celle-ci est partielle, relativement peu ou mal répétée, où la variabilité est très forte... mais bien que ce soit des problématiques difficiles à apréhender, elles constituent à mon sens un enjeu et un intérêt bien plus important que la génomique.
Pour le reste je te suis... c'est vrai qu'en France il y a peu de stabilité d'emploi et c'est un gros gros HIC.
julien

David, biologeek le 22/05/2006 :

Bonjour Julien,
Merci pour ton plaidoyer pertinent. Je ne limite pas du tout la bioinfo à 2 aspects, ce sont juste ceux que je connais le mieux suite à ma formation mais je sais très bien qu'il en existe une multitude d'autres. Apparement l'avenir est assez incertain pour ces autres domaines aussi...
N'hésite pas à revenir feuilleter ;)

Paul le 06/01/2008 :

Bonjour,
Je ne suis pas adepte du "deterrage de sujet" mais là je suis un peu obligé!
Je suis donc en terminale S et je pense me tourner vers la bio-informatique. La question reste comment y acceder? Le mieux est-il le parcours universitaire (à Paris 7 pour moi) ou integrer une ecole d'ingénieur comme l'INSA de Lyon qui propose une formation en bio-informatique?
Paul

David, biologeek le 06/01/2008 :

@Paul : je te conseille de lire ce billet www.biologeek.com/journal... (pour ce qui est l'INSA, je te conseille le commentaire de Thom qui a fait les deux et qui était dans ma promo).

Ben le 06/01/2008 :

Bonjour tout le monde,
J'aurai d'ici quelques mois mon master en informatique, ingénierie logicielle, bac+5. Je ne sais pas exactement quelle définition donner puisque ça semble différent dans tous les pays...
Il est dit qu'il y a peu d'emplois en France. J'ai vu une proposition à Amsterdam et j'ai vu pas mal de choses en Angleterre. Est-ce que tu crois que c'est plus prometteur dans ces pays ? Ou en Belgique ? Ou ailleurs ?
Et quand tu dis un salaire décevant, ça fait la bagatelle de combien à peu près ?
Je ne compte pas poursuivre des études, sauf peut-être un doctorat si c'est payé. Est-ce vraiment nécessaire d'effectuer des DEA ou autres formations en accronymes (non payées j'imagine) pour se lancer dans la bioinformatique, ou un tout autre domaine scientifique intéressant où l'on nécessite des informaticiens ?
vlem_from_be@hotmail.com

olivier le 12/01/2008 :

Salut je suis actuellement en train de travailler en irlande dans le domaine du support informatique (HP).
J'ai acheve mon master II recherche en genetique moleculaire il ya un an et demi. Je ne veux plus faire de recherche mais aimerai me reorienter en informatique avec une ou deux annees en plus.
Mon plan consisterai a me former en bioinformatique et ensuite travailler en informatique dans une entreprise.
Pensez vous que se former en bioinformatique et ensuite bosser en informatique peut etre payant et permettre d'obtenir les conditions de travail d'un informaticien ?

David, biologeek le 12/01/2008 :

@Ben : tu as un master info et tu souhaites t'orienter vers la bioinfo ? (j'ai pas très bien compris l'objectif).
@olivier : c'est une stratégie et c'est un peu ce que j'ai fait finalement en prenant le virage un peu plus tôt. Avec le recul, je me rends compte que j'ai beaucoup plus appris par moi-même mais le salaire étant lié au diplôme en France, c'est une étape un peu obligatoire... enfin aujourd'hui c'est le cadet de mes soucis :-).
Je pense qu'il vaudrait peut-être mieux essayer d'intégrer le domaine en ce moment où ça recrute beaucoup et se former sur le tas. Mais ce n'est que mon avis.

Vincent le 01/03/2008 :

Bonjour,
En Belgique, pas mal d'opportunités existent dans le secteur pharmaceutique (ERP ex SAP, LIMS) soit directement employés par ces compagnies, soit via des jobs de consultants (en validation notamment). Je pense surtout à la province du brabant wallon.
Tout doit être tracé pour répondre aux normes américaines FDA.
Celà nécessite d'importants efforts d'implémentation, configuration
de systèmes développés par labware, applied biosystems..
Apparemment il y aurait des formations intéressantes en France
(Poitiers semble-t-il)
Il faut idéalement un profil mixte de scientifique ou de laborantin avec de bonnes connaissances en bases de données Oracle par ex.
Peut-être un peu en stat, en Citrix..
Les salaires sont assez intéressants dans ce domaine (comme aussi dans la chimie) car le marché est porteur et les profils
plutôt rares actuellement..
Evidemment de bonnes connaissances en programmation peuvent être utiles tout comme en SQL
Vincent

Correa le 07/05/2008 :

slt je s8 Etudiant en Technologie en COTE D IVOIRE....Je suis a la recherche de projet en biotechnologie...veillez me faire signe si vous en avez ...
MERCI
FULLGATE

sancano le 02/01/2009 :

Bonjour tous , je fais un master d'informatique mais ma ligne est la bioinformatique , je recherche sur la bioinformatique et je dois faire ma thesis , je suis en train de travailler avec aliegnement de sequences ..

Je suis colombienne et j'habite la bas

J'aimerais savoir s'exist bourse pour ètudier ou faire des pratiques sur l'informatique

merci pour votre information c'est tres important pour moi.

Sandra Cano
Colombie
ma msn: sancano22@hotmail.com

christian le 11/05/2009 :

slt a ts merci pour les informations donnees sur ce site.je suis ivoirien je fais un master 1 en total quality mangement apres un bts en qualite dans les industries alimentaires je suis en inde depuis 3 mois et jaimerai m'orienter en master bioinformatique,est ce adequat pour ma formation.merci de me repondre

YouLab le 26/07/2011 :

Bonjour, je découvre votre blog, très intéressant même si la bio info évolue très vite et pas mal de choses changent, mais vous aviez déjà à l'époque une vision qui se confirme aujourd'hui de la discipline! Je continue mon exploration ici car je voudrais voir si vous présentez des outils de bio info à destination des biologistes moléculaires comme moi!

Julien @ ocarina le 24/11/2011 :

Je découvre la bio informatique avec ton blog et je trouve le sujet vraiment super. Quels sont les débouchés ? Tu pense que l'on peut se reconvertir dans ce domaine facilement ? Je suis assez tenté et saoulé par ma branche actuelle.

Pierre Rouzé le 02/12/2011 :

Je tombe un peu tard sur votre blog, qui me laisse vraiment perplexe.

Je suis Français moi aussi, un des tous premiers bioinformaticiens .. et c'est vrai qu'il est souvent difficile de trouver du travail dans cette branche ... en France. Mais c'est un phénomène bien français, et il faut bien en avoir conscience !

Je travaille en Belgique, à l'université de Gand, et depuis près de 20 ans que j'y suis nous n'avons pas cessé de chercher des bioinformaticiens de qualité, avec beaucoup de difficulté souvent, de toute sorte depuis des biologistes jusqu'à des spécialistes de l'apprentissage, des développeurs ou des statisticiens.

Notre groupe a près de 50 personnes, et tous ceux qui y sont passés ont ensuite trouvé du travail, soit dans le public soit dans le privé .. Mais pas en France, c'est sur !

Bougez, soyez dynamiques, parlez et écrivez bien l'anglais et vous aurez de grandes chances d'avoir du travail dans cette branche. On engage thésards et post-docs chez nous, et plus occasionellement, ce qu'on appellerait des ingénieurs en France .. Nous recevons aussi très régulièrement des demandes de collègues qui cherchent à pourvoir de tels emplois à travail toute l'Europe et aux USA