Ju. le 06/07/2006 :

Et donc ? Tu vas faire quoi ? Toi ? Personnellement ?

David, biologeek le 06/07/2006 :

« et même si le développement web me semble plus intéressant pour l'instant »
Voila, si en plus c'est en Python c'est le top ;).

Marco le 01/09/2006 :

Je suis étonné de reconnaître presque tous les défauts de mon Master dans celui de Jussieu (je suis dans le Master Bioinformatique et Biostatisques d'Orsay) ceci dit il serait intéressant de faire une présentation de ces deux Master pour pouvoir, peut-être, mieux orienter les futurs étudiants en bioinfo.

David, biologeek le 01/09/2006 :

Difficile de comparer sans avoir fait les deux... ce qui est assez atypique ;-). N'hésite pas à t'exprimer ici si tu le souhaites.

Marco le 01/09/2006 :

Ce qui serait intéressant de voir c'est les différents modules abordés, la bioinformatique est un domaine tellement vaste ...
Mon principal regret est le gros manque de cours en modélisation structurale et comme à Jussieu l'absence totale de retours sur les notes aux examens. Ce parcours contient aussi un gros module de stats très (voire des fois un peu trop) complet qui peut rebuter les biologistes étant donné que seuls professeurs se sont donnés la peine de chercher des applications à la biologie

Thom le 14/09/2006 :

Salut les gens, moi j'ai suivi une autre voie : l'école d'ingé ... INSA de Lyon (waou ...). L'année d'avant j'étais en M1 à Jussieu (avec David). Je me permet de vous indiquer que tout ce que vous a rapporté David sur le cursus de Jussieu se retrouve à l'école d'ingé, même à l'INSA de Lyon qui, il parait, jouit d'une renommée particulière. En ce qui concerne l'orientation des cours à l'INSA, c'est TRES orienté stats ... eh ouai, çà fait mal. Sinon c'est bien ils poussent tes notes pour que tout le monde ait 12 de moyenne (moyenne générale là-bas), mais du coup t'as des gens pas bons du tout qui se retrouvent avec des diplomes d'ingé, çà fait encore plus mal ...
Voilou si quelqu'un est intéressé par la formation de l'INSA n'hésitez pas à me poser des questions.

popeye le 06/11/2006 :

Je fait un master 2 en génomique structurale et bioinfo à strasbourg. Auparavant, j'ai fait un IUT bioinfo (Aurillac) et ma 3eme année à Manchester(UK).
Après ma troisieme année, j'ai postulé pour pas mal de master en bioinfo et il est vrai que chaque master à sa spécialité (voire même chaque université/ville). Je sais que Lyon sont très orienté math & stat, strasbourg c'est génomique et bio structurale, marseille : bioinfo et biochimie, nantes : info et biologie/génomiqe.
Il y a une grande quantité de Master Pro et recherche et on peut vraiment y trouver ce que l'on cherche, si déjà on sait ce que l'on veut. Il faut voir aussi que certaines universités sont mieux cotés que d'autres (je pense a certaines uni de paris, orsay et strasbourg sans être chauvin) ce qui peut être un avantage ou un inconvénient. D'une manière générale je pense qu'il ne faut pas hésiter à changer d'université entre M1 et M2 en fonction de ce que l'on cherche

Inopia le 11/01/2007 :

Bonjour,
je crois que sur ce 'forum' il ya des gens qui seraient succeptibles de résoudre mon problème:
je suis en M1 biochimie/BioInfo à Toulouse
et je cherche à me spécialiser dans un M2 en bio-informatique. Le truc c'est que beaucoup d'anciens étudiants en Bio-informatique qui sont dans le monde du travail actuellement me disent que c'est un domaine avec peu de débouchés: pas de CDI, quelques CDD mais mal payés. Bref je doûte!
Pouvez vous me donnez votre avis? Quels sont réellements les métiers de la bioInformatique dans le privé, dans le public? Y a t'il vraiment moyen de travailler sur les 2 plans (biologie, informatique) ou sommes nous au final toujours en train de programmer? De mon côté l'aspect qui m'interesserai le plus serait de mener un projet informatique de A à Z qui vise à répondre à une problématique de bio.
Voilà merci d'avance, si ce forum 'vit' encore!

David, biologeek le 11/01/2007 :

Bonjour Inopia,
Ce site est plutôt une sorte de blog qu'un forum mais bon passons sur les détails :-).
Concernant les débouchés en bio-informatique, j'ai fait mon bilan dans l'article suivant : www.biologeek.com/journal...
Pour ce que tu veux faire, sache que c'est possible, c'est à peu près ce que je fais actuellement. Je développe une application web dédiée aux laboratoires de recherche.

seba le 17/01/2007 :

Je sais pas si y a encore du monde pour répondre mais je tente !
Je suis en 3ème année de licence BBM (biochimie biologie moléculaire), je voudrais m'orienter vers un master pro bioinformatique mais j'hésite entre paris, marseille, ou encore nantes !
Des conseils ?
Beaucoup de débouché si non je pense allez sur nantes qui permettrais d'être informaticien tout court.

karim le 14/05/2007 :

j'ai fais la L3 à Orsay, je suis acctuellement à Rennes (Bioinformatique). Ici c'est plus orienté Biologie, les cours sont sympas, pas dur, les prof accessibles. A déconseiller pour ceux qui aiment l'informatique. Orsay semble être la meillleure univ qui englobe bq de modules très utiles, cela couvre l'info, les math, les stat et la biO.
J"ai entendu dire que tous ce qui est Java et base de données présente un atout pour décrocher un travail,,,,
A voir!!!!
pour le M2, j'hésite entre strasbourg, toulouze et nantes,,,

Bioinf le 26/11/2007 :

J'ai fais m1 et m2 de rennes bioinfo, je vous jure que pour une thèse se sert à rien puisque pas des thèses en bioinfo ! les bioinformaticiens sont divisés en deux communautés
Bionfo à dominance biologique (bioanalyste)
Bioinfo à dominance Info ( algorthm........)
Je refais un master pro bioinfo et je regrette de ne pas effectuer un master pur info ! C'est pas la peine de choisir bioinfo recherche en france ! ..........je suis déçu

Nesrine le 12/12/2007 :

Bonjour tout le monde,
Moi j'aimerais faire de la bioinformatique dirrigée pluôt vers la pharmaco. L'objectif c'est le criblage virtuel. Est ce qu'une telle formation existe sur Paris?
Merci

Cédric le 01/01/2008 :

Bonjour,
Je suis en deuxième année de doctorat au sein du LRI (Orsay) et j'ai suivi mes études de bio-informatique L3-M2 recherche au sein de la formation d'Orsay et je suis issu d'une école d'agronomie (biologie)
Je tiens à apporter des précisions sur un certains nombres de commentaires précités :
- Je suis d'accord pour dire que la bio-informatique est un vaste sujet dont chaque sous section mériterait un traitement séparé. Chaque faculté à sa spécialité (naturellement) ce qui ne leur empèche généralement pas de dispenser une base générale à leurs étudiants.
- Concernant le commentaire sur la différence entre M2 recherche (et non DEA, il faudrait se tenir au courant les gars ;) ) et le M2 professionalisant : Je ne connais pas bien la formation de P7 donc je n'en parlerai pas. Par contre, pour Orsay, c'est faux ! Les cours abordés dans les deux M2 sont différents des cours suivis les années précédentes (je crois qu'il y a quelques cours éventuellement communs qui sont en fait dans la listes des modules optionnels donc si vous les prenez, c'est que vous estimez en avoir besoin) En M2 recherche, des matières touchant la combinatoire sont abordés, de la fouille de donnée avancée, analyse complexe de séquences en passant par le traitement d'images... j'en passe. Tout cela n'est pas présent les années précédentes ou alors en constitue un approfondissement significatif. Les M2 "pro" doivent suivre des cours de génie logiciel et doivent réaliser un projet en lien avec l'entreprise. Des options comme l'IHM ou l'ergonomie leur étaient proposées (oui je sais il y a aussi de la recherche en IHM :-) ) cela constitue autant de différences avec le M2 recherche.
- Concernant la présence de statistiques dans les formations : La formation en statistiques n'est pas "trop poussée" et ce pour une bonne raison, cela constitue la base des statistiques paramétriques ! Je vous invite à regarder la bibliographie dans les domaines suivants : Recherche de motifs, analyse de biopuces, recherche sur les alignements, analyse d'alignements. Ces domaines sont très étudiés, font l'objets de nombreuses publications et utilisent tous des arguments statistiques. Comment voulez vous interpréter une p-value si vous ne savez pas comment on la calcule ? Bien sur vous pouvez aussi etre imprécis mais est-ce ce type de profil que l'on souhaite dans le monde de la recherche ? D'autre part ces formations à ma connaissance ne forment pas en statistiques non paramétriques, et certains problèmes rencontrés en recherche touchent ce pan de la discipline. Les matrices de substitutions sont basées également sur des statistiques (regardez bien comme elles sont construites :-) ) Donc, bien que certains secteur de la bio-informatique soient plus concernés que d'autres par les statistiques, une formation basique en statistique est indispensable pour former de bon bio-informaticiens.
- Concernant la structurale à Orsay : Personnellement j'ai suivi deux modules de modélisation en M2 à Orsay. Regardez dans la liste des modules des M2 de biologie, vous pouvez en choisir certain parmis vos modules optionnels. De plus il y a un module d'initiation disponible en M1 (si cela n'a pas trop changé depuis) Je ne dis pas que d'autres formations, certainement très bien, n'existent pas ailleur mais cette discipline est présente à Orsay.
- Concernant l'emploi : Malheureusement ce constat ne concerne pas que la bio-infomatique ! De nombreux métiers sont concernés, l'embauche des ingénieurs à des postes d'ingénieurs n'est pas au beau fixe et même des métiers comme ceux de l'hôtellerie ayant la réputation d'embaucher sont frappés par cette crise ... Nous sommes tous dans le même panier.
- Concernant le "pas de thèses en bio-info" : N'importe quoi ! Il existe des listes de diffusions comme la liste bioinfo qui nous spam d'offres depuis des semaines. Renseigne toi auprès de tes directeurs de formation.
Par contre la remarque concernant l'inutilité de la bio-info par rapport à l'informatique me semble très légère. D'une part, dans un cursus d'informatique tu étudieras des thèmes qui concernent la bio-informatique et d'autres qui ne la concerne pas du tout (systeme, réseau, architecture des processeurs ... j'en passe). D'autre part comment veux-tu avoir une expertise pertinente si tu n'as pas de connaissances des systèmes biologiques ? Tu écriras de beaux modèles infomatiques voir mathématiques qui ne reflèteront aucunement la réalité biologique et qui n'intéresseront donc pas grand monde. Actuellement, les biologistes réclament à corps et à cri des bio-informaticiens qui ne soient pas que des informaticiens.
Si tu ne fais que de l'informatique, tu ne comprendras ni les problèmatiques biologiques, ni la limite des modèles que tu proposes. Si tu n'es que biologiste, tu auras du mal à formaliser et résoudre informatiquement et statistiquement les questions que tu te poses. C'est justement la force des formations en bio-informatiques de qualités, elles assurent la multicompétence. Une chose est sur, les informaticiens n'ayant pas de regard critique sur les données biologiques sont actuellement vivement critiqués par la communauté des biologistes.
Je pense que tes regrets concernant l'info pure relèvent plutôt de l'erreur d'orientation que d'une réalité scientifique.
La bio-informatique est une vraie discipline et non l'intersection de la biologie, l'informatique et les statistiques. Personnellement je pense que la bio-informatique est actuellement en plein essor et que sa force réside, entre autre, en le fait que son approche du vivant est différente de celle de chaqu'une des trois autres.

David, biologeek le 01/01/2008 :

Bonjour Cédric, tu réponds à qui ? (avant que j'essaye de répondre calmement)

Cédric le 02/01/2008 :

Bonsoir David,
Je répondais à divers remarque que j'ai lu mais je m'adresse plus particulièrement à Bioinf. J'aurai du le préciser.

Bioinf le 04/04/2008 :

Quelques fois les réactions non constructifs, rapides et spontanés sont mals compris !
Toujours il faut proposer des remèdes et des solutions.
Et ça se voit dans la réponse de notre collègue cédric qui s'ennervais de mes
réactions concernant la bioinfo.
Je me permets de reformuler mes phrases, pour assurer une bonne compréhensiosn.
"La bio-informatique est une vraie discipline et non l'intersection de la biologie, l'informatique et les statistiques" je ne suis pas d'accord l'intersection de ces disciplines a crée la bio-informatique !!!!
Tandis et bien entendu que :
bio + stat = biostat
bio + math = biomath
bio + info = bioinfo
Mais quel info on voudras pour la biologie ?
calcul ? créer des interfaces ? organiser de tâches ? base de données ?
interfaces web ?
c'est de la boinformatique de service !!! et les biologistes veulent ces services qui seront effectuer par des informaticiens efficaces ayant des compétences dans tel et tel type de langage !!!
la plupart des cdd sur la liste bioinfo que tu l'appelle SPAM, les biologistes
demandent Bioinformaticiens/informaticien et pas Bionf/BIOLOGISTE !!!
Voilà l'ordre de proirité ( INFORMATRICIEN)
D'autre part, en restant sur la côté service de bioinfo, quand ils appellent des Bioanalystes/(Bioinformaticiens/ Biologistes), exigeront des expériences sur paillasse ! tu ne peux pas ignorer ça !
Sur le niveau de bioinformatique de service il faut mieux séparer
les (biologistes/bioanalystes) des (informaticiens/bioprogrammeurs) !
le bioinformaticien qui doit jouer les deux rôle: bioanalyse et bioprogrammation (modélisation), doit sûrement passer un licence biologie et un autre licence en informatique, c'est la philosophie de cette discipline M. cedric c'est savoir faire et pas savoir raconter des histoires personnelles
T'as raison que les masters pro doivent enseigner largement le génie logiciel. Mais leurs points faibles c'est que ils survolent l'info et la bio
et c'est le cas des pluparts d masters d recherche !
Une petite commentaire personelle aussi : Mon directeur de master m'a conseillé de faire un master info pur ! et je regrette de ne pas suivre ses conseils.
En ce qui concerne la bionfo de recherche, ici se pose le problème des biologistes et des informaticiens. Ici réapparait la fossée entre les deux communautés : LA PREMIÈRE -Bioinformaticiens/Biologistes- handicap en modélisation stat et mathématique, en simulation des systèmes complexes, modélisation des comportements des gènes, des gènes mobiles........) La deuxième - Bioinformaticiens/Informaticiens qui ne comprennent pas vraiment la génomique et la post-génomique (en gros).
Cette dernière save bien travailler sur l'écophysiologie , modélisation cardiovasculaire, reconaissance des formes, neroinformatique, cerveau .... sans connaissances préalables en biologie.
Donc la fossé apparait sur le niveau de génomique et post-génomique!
Comment concilier les deux communautés pour accomplir une bonne recherce et modélisation des systèmes biologiques ??
C'est ici qu'il faut être claire et constructif et trés objectif .
Et c'est porquoi j'ai parlé de rareté des THESES FINANCES !!
Sur la liste bioinfo, ils ont proposé pas plus que 7 thèses tot au long de 2007. Je suis en contact avec la plupart de ces gens qui proposent des thèses, le problème est le financement toujours et quelquefois le candidat !!!!! les biologistes et à cause des crises financières préfèrent des bioinformaticiens qui modélisent, programment, et manipulent sur la paillasse! comment trouver cette personne qui rassemblent toutes ces critères ????????????
Ce pour cela je me suis dis en tant que biologistes, nous nous sommes pas bon ni avec les informaticiens ni avec les biologistes.
solutions que je propose :
1- Orienter les formations bioinfo dès le Bacc
2- Distinguer les tremes bioinfo biostat biomath
3- Diviser la bioinfo en Biocomputing ( computational biology comme en angleterre) de la bioinfo de service
Merci

Bibou le 04/04/2008 :

Je reclame que Bioinf a raison cent pour cent
Mais soit un peu calme.
parfois les expériences des autres nous guident et nous évitent les pièges de l'avenir !

Florent le 07/04/2008 :

À mon avis, toute personne ayant fait une licence de biologie et ayant continué sur un master de bioinfo (par ex celui d'Orsay) peut faire de la modélisation/programmation/manipulation sur paillasse, encore faut-il trouver un poste ou on te propose de faire des manips humides.
Niveau informatique(programmation), en ayant suivi des matières avec des masters pro d'info, mon niveau est équivalent au leur, je suis donc bien content de ne pas avoir fait un master pro d'info. Je n'aurais pas eu les bases nécessaires pour certains domaines de la bioinformatique (modélisation/prédiction structurelle, arnomique, analyse d'images, etc...) et je n'aurais rien compris à des explications sur des statistiques.
Si au final, des lacunes (en informatique, en biologie ou en maths selon l'orientation choisie) se présentent, il suffit de potasser pendant quelques soirs et on s'adapte :)
Sinon concernant les propositions, je ne suis pas vraiment d'accord :
"1- Orienter les formations bioinfo dès le Bacc"
Une orientation dès le bac risque de ne pas donner le socle de connaissances de bases nécessaires (bio, info ou maths)
"2- Distinguer les tremes bioinfo biostat biomath"
Si tu veux dire ne pas les cofondre, je suis tout à fait d'accord mais si il s'agit d'en faire des formations différentes, ça serait une grosse perte de débouchés.
"3- Diviser la bioinfo en Biocomputing ( computational biology comme en angleterre) de la bioinfo de service"
Même remarque que précédemment :)

Cédric le 08/04/2008 :

Oula Bioinfo ! Quelle fougue dans ta réponse ! Loin de moi l'idée de te facher !
Tout d'abord, j'ai parlé des exemples que je connais par soucis de précision. Ce que j'ai dit est assez largement vrai dans d'autres formations universitaires parisiennes.
Pour ce qui est de l'intersection des trois (voir 4) disciplines, nous sommes inconciliables. Il s'agit vraissemblablement d'une querelle de chapelle ... cependant la bioinfo développe des méthodes et des approches qui lui sont propres et ça c'est incontestable ! Là encore je te renvoie à ta bibliographie ... lis les articles d'informatique, de maths, de stats et de bio. Puis considère la bioinfo et regarde la différence. Tu verras l'originalité des méthodes et des approches.
Pour les emplois dont tu parles, il s'agit de CDD ... donc des besoins à court termes. Que dire de plus ? Je parlais de thèse ...
Pour ce qui est des besoins en terme de formation, tu te contredis. Discute avec des biologistes et des bioinformaticiens issus de la biologie et tu verras par toi même que tu te trompes. Mais comme tu le soulignes à certains moments, il est nécessaire qu'il y ait des formations et des profils mixtes. Les aspects paillasse sont aussi important pour valider des modèles. Et ces compétances peuvent etre acquise dans des cursus de bioinformatique ! Et mon cas est loin d'etre aprticulier.
Pour ce qui est des thèses, je persiste et signe ! Tu te trompes ! Mais peut etre tes connaissances et tes relations très étendues dans le milieux de la bioinformatique te permettront de débloquer ta situation. Je te le souhaite en tout cas.
Tu es amer, je peux le comprendre mais il n'est jamais trop tard pour bien faire, non ? Tu as acquis des compétances et tu peux surement compléter ta formation qui, je n'en doute pas, était peut etre dispersée mais sans doute de bonne qualité.
Si je prend la peine de répondre à ton message, c'est parce que conseiller aux futurs bioinformaticiens d'aller vers l'info pure serait à mon avis, et pour de nombreux biologistes et bioinformaticiens, une vraie erreur !
Dire qu'il n'y a pas de financement est faux, et le fait que tu n'aies rien trouver ne prouve rien. Tous les M2 recherche de ma promo ont trouvé (parfois refusé) des financements et je vois souvent des doctorants en bioinfo venant d'autres formations que la mienne.
Je trouve ton témoignage intéressant sur plusieurs points :
- Tu montres que les attentes sont pluridisciplinaires et doivent etre considérées tot dans le cursus universitaire (ce n'est pas le cas de l'info pure)
- Tu montres que des formations qui ne font que survoler sont insuffisantes. Malheureusement, il est possible que tu en aies fait les frais. Heureusement, ce n'est pas le cas de toutes les formations.
- Tu montres que le chemin vers la thèse n'est pas facile. C'est vrai en chimie, physique, biologie, maths ... et je n'aborde même pas les sciences sociales pour lesquelles le chemin est encore plus ardu. Les exigences de la bioinfo sont analogues à celles des autres disciplines.
Je te souhaite bonne continuation dans la poursuite de ton cursus professionnel.

Brigbrag le 17/06/2008 :

J'ai suivi un master de Bioinfo à Rennes il y a qq années et je suis totalement d accord avec Bioinf qd il parle de la qualité de ce master (précisement celui ci). Il est d une qualité médiocre à éviter sans aucun doute pr les jeunes qui ont une certaine ambition. Ceci dit et après avoir suivi une formation à Jussieu, je peux clairement dire qu une licence bioinformatique peut etre un premier remède pour les lacunes de formtion qui peuvent gèner des gens ambitieux comme Bioinf. A rennes, seul un Master en deux ans est proposé et former une personne compétente dans ce complexe domaine en qq mois de formation est un grand fantasme dont le seul but est comme souvent de récolter de l argent en offrant des formations incomplétes et mal ciblées.
Bon, je rajoute une bonne couche à ce qu avait dit Bioinf mais je peux aussi dire que le problème de la Bioinformatique dépend de l'endroit dans lequel on a suivi la formation et surtout les PROFESSEURS souvent n'ayant pas la pédagogie de l'enseignement: un bon chercheur n implique pas un bon enseignant

Céline le 23/11/2008 :

bonjour à tous! Etudiante en L2 biologie biochimie a paris VII !Je ne distingue pas (a part le titre)la difference entre un master bio-info ,un chercheur en bio informatique et un ingénieur bio informatique(issue d'une école d'igénieur bio-informatique)!!y-a til une réelle differenence dans l'exercice du metier et une difference de salaire ;) ?

florent le 23/04/2009 :

Bonjour. Dans le cadre de mon orientation, ma fac me demande d'interviwer un professionnel du métier que je souhaiterais exercer. Je me tourne donc vers la bioinformatique. Je recherche donc un bioinformaticien dans le but de lui poser quelques questions sur son métier. Pour me répondre allez sur le site ebiologie.fr que j'ai créer.
Merci d'avance

sylver le 13/04/2010 :

est il possible avec une licence en bio-informatique de s'inscrire dans un autre master autre que la bio-informatique???