Martin le 18/04/2006 :

Bonsoir
Merci beaucoup pour partager ce "bout" de code... Maintenant, moi la seule chose que je veux est 'spliter' un PDB en ces chaines (A, B, C, etc). Si je prends vos classes et je met le print suivant:
print PDB['ATOM']['C'].get_coordinates()[:10]
j'obtient:
#####
$ ./PDBparser.py 1RJD.pdb
Traceback (most recent call last):
File "./PDBparser.py", line 64, in ?
print PDB['ATOM']['C'].get_coordinates()[:10]
NameError: name 'PDB' is not defined
#####
des idees ? merci encore!
martin
[mgrana_at_gmail.com]

David, biologeek le 19/04/2006 :

Il faut d'abord créer une instance de PDBParser de la manière suivante dans le code :
PDB = PDBParser(open("1SDK.pdb"))
Bon je suis d'accord c'est pas très pratique (surtout qu'à la dernière mise à jour les archives ont sautées :/) et il faut que je documente beaucoup mieux tout ça. À l'époque je ne savais pas le faire mais maintenant oui :)
Je mettrais à jour prochaînement le billet avec de la documentation agile.

Jerome Pansanel le 30/04/2007 :

Est-ce que vous avez pensé à utiliser cette classe pour écrire un outil permettant de préparer une protéine pour un docking ?

David, biologeek le 30/04/2007 :

Non, cette bibliothèque est un peu à l'abandon en fait... mais bon le format pdb évolue peu donc elle est toujours utilisable.
Si vous avez des suggestions d'améliorations, n'hésitez pas, je peux les publier ici.

Yann le 21/06/2009 :

Salut,

je suis un développeur Python qui dispose de pas mal de temps libre devant lui et j'aimerai bien jouer un peu avec les protéines. Léger problème : je manque cruellement de culture générale (pour l'instant) à ce sujet.

Par où (quelle documentation) pensez-vous que je devrais commencer pour, à terme, comprendre quelle protéïne fait quoi et pourquoi.

Merci :)

David, biologeek le 23/06/2009 :

Hello Yann,

Question difficile :)

En fait ça dépend un peu de ta façon d'apprendre, il y a 3 options à mon avis :

* une formation, coûteux mais si les formateurs sont intéressants ça peut faire gagner un temps fou.
* un livre, je sais que "le Campbell" (du nom de son auteur) était notre bible en prépa. Mais il doit sûrement y avoir un peu plus accessible pour commencer.
* internet, les articles de wikipedia sont à mon avis un bon point de départ.

Il y aurait peut-être une 4ème option qui serait de rencontrer des biologistes qui sont souvent intarissables sur le sujet et qui combineraient les 3 ;-).

Bon courage !

Maamri sarra le 26/10/2009 :

bonjour ,
est ce que je peu avoir votre aide pour utilisé la classification CATCH dans le site PDB :et comment je lit les resultats

David, biologeek le 26/10/2009 :

Si le problème est suffisamment bien décrit pourquoi pas, puis ça te permettra peut-être de trouver la solution par toi-même d'essayer de le formuler :-)