title: Bad News Wrapped in Protein: Inside the Coronavirus Genome
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</div>

<p class="g-body " >
	A virus is “simply a piece of bad news wrapped up in protein,” the biologists Jean and Peter Medawar wrote in 1977.
</p>
<p class="g-body " >
	In January, scientists deciphered a piece of very bad news: the genome of SARS-CoV-2, the virus that causes Covid-19. The sample came from a 41-year-old man who worked at the <a href="https://www.nytimes.com/interactive/2020/03/22/world/coronavirus-spread.html">seafood market in Wuhan</a> where the first cluster of cases appeared.
</p>
<p class="g-body " >
	Researchers are now racing to make sense of this viral recipe, which could inspire drugs, vaccines and other tools to fight the <a href="https://www.nytimes.com/interactive/2020/world/coronavirus-maps.html">ongoing pandemic</a>.
</p>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="1">A String of RNA</span>
</h2>
<p class="g-body " >
	Viruses must <a href="https://www.nytimes.com/interactive/2020/03/11/science/how-coronavirus-hijacks-your-cells.html">hijack living cells</a> to replicate and spread. When the coronavirus finds a suitable cell, it injects a strand of RNA that contains the entire coronavirus genome.
</p>
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</div>

<p class="g-body " >
	The genome of the new coronavirus is less than 30,000 “letters” long. (The human genome is over 3 billion.) Scientists have identified genes for as many as 29 proteins, which carry out a range of jobs from making copies of the coronavirus to suppressing the body’s immune responses.
</p>
<p class="g-body " >
	The first sequence of RNA letters reads:
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">ccc</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">aaa</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cc</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cc</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em>


</p></div>
<p class="g-body " >
	This sequence recruits machinery inside the infected cell to read the RNA letters — <span class="g-genome"><em class="av g-reg">a</em></span>, <span class="g-genome"><em class="cv g-reg">c</em></span>, <span class="g-genome"><em class="gv g-reg">g</em></span> and <span class="g-genome"><em class="uv g-reg">u</em></span> — and translate them into coronavirus proteins.
</p>
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</div>

<p class="g-body " >
	The full coronavirus genome and the proteins it encodes are shown below.
</p>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="2">A Chain of Proteins <span class="g-ss">&middot; ORF1ab</span></span>
</h2>
<p class="g-body " >
	The first viral protein created inside the infected cell is actually a chain of 16 proteins joined together. Two of these proteins act like scissors, snipping the links between the different proteins and freeing them to do their jobs.
</p>
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		<div id="g-ai0-1" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:4.552%;margin-top:-8.8px;left:1.3046%;width:136px;">
			<p class="g-pstyle0">&#9664 Start of genome</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-2" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:4.552%;margin-top:-8.8px;right:1.168%;width:157px;">
			<p class="g-pstyle1">30,000 RNA letters &#9654</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-3" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:14.329%;margin-top:-8.2px;left:50.129%;margin-left:-97.5px;width:195px;">
			<p class="g-pstyle2">THE SARS-CoV-2 GENOME</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-4" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:27.8586%;margin-top:-8.2px;left:36.6172%;margin-left:-68px;width:136px;">
			<p class="g-pstyle2">ORF1ab PROTEIN</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-5" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:27.8586%;margin-top:-8.2px;left:85.6585%;margin-left:-90.5px;width:181px;">
			<p class="g-pstyle2">STRUCTURAL PROTEINS</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-6" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:46.5652%;margin-top:-8.8px;left:78.0221%;margin-left:-28.5px;width:57px;">
			<p class="g-pstyle3">Spike</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-7" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:46.5652%;margin-top:-8.8px;left:86.6533%;margin-left:-15px;width:30px;">
			<p class="g-pstyle3">E</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-8" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:46.5652%;margin-top:-8.8px;left:90.2599%;margin-left:-17.5px;width:35px;">
			<p class="g-pstyle3">M</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-9" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:46.5652%;margin-top:-8.8px;left:95.8711%;margin-left:-16px;width:32px;">
			<p class="g-pstyle3">N</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-10" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:60.8002%;margin-top:-16.8px;left:36.6018%;margin-left:-72.5px;width:145px;">
			<p class="g-pstyle2">NON-STRUCTURAL</p>
			<p class="g-pstyle2">PROTEINS<span class="g-cstyle0"> (NSPs)</span></p>
		</div>
		<div id="g-ai0-11" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:60.6147%;margin-top:-16.2px;left:91.5231%;margin-left:-51px;width:102px;">
			<p class="g-pstyle2">ACCESSORY</p>
			<p class="g-pstyle2">PROTEINS</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-12" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:71.8444%;margin-top:-8.8px;left:2.4399%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">1</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-13" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:71.8444%;margin-top:-8.8px;left:19.2896%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">3</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-14" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:71.8444%;margin-top:-8.8px;left:35.1673%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">5</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-15" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:71.8444%;margin-top:-8.8px;left:40.1243%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">7</p>
		</div>
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			<p class="g-pstyle3">9</p>
		</div>
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			<p class="g-pstyle3">11</p>
		</div>
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			<p class="g-pstyle3">13</p>
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			<p class="g-pstyle3">15</p>
		</div>
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			<p class="g-pstyle3">3a</p>
		</div>
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			<p class="g-pstyle3">6</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-22" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:71.8444%;margin-top:-8.8px;left:92.4642%;margin-left:-19px;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">7b</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-23" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:71.8444%;margin-top:-8.8px;left:95.8496%;margin-left:-19px;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">9b</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-24" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:88.5785%;margin-top:-8.8px;left:98.2871%;margin-left:-19.5px;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">10</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-25" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:6.4903%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">2</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-26" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:31.1721%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">4</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-27" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:38.0527%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">6</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-28" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:41.382%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">8</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-29" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:43.9997%;margin-left:-19.5px;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">10</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-30" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:49.1046%;margin-left:-19.5px;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">12</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-31" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:62.4958%;margin-left:-19.5px;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">14</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-32" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:70.4862%;margin-left:-19.5px;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">16</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-33" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:85.0767%;margin-left:-19px;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">3b</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-34" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:90.0967%;margin-left:-19px;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">7a</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-35" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:93.2412%;margin-left:-15.5px;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">8</p>
		</div>
		<div id="g-ai0-36" class="g-type g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.7675%;margin-top:-8.8px;left:96.3166%;margin-left:-19px;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">9c</p>
		</div>
	</div>

	<!-- Artboard: 335 -->
	<div id="g-genome-335" class="g-artboard" style="width:335px; height:656.146675854005px;" data-aspect-ratio="0.511" data-min-width="335" data-max-width="599">
<div style=""></div>
		<img id="g-genome-335-img" class="g-aiImg" alt="" data-src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/7628ba923ed41312e91768c8cea62703399cf5dd/genome-335.png" src="data:image/gif;base64,R0lGODlhCgAKAIAAAB8fHwAAACH5BAEAAAAALAAAAAAKAAoAAAIIhI+py+0PYysAOw=="/>
		<div id="g-ai1-1" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:2.0975%;margin-top:-8.8px;left:0.4049%;width:204px;">
			<p class="g-pstyle0">THE SARS-CoV-2 GENOME</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-2" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:3.3963%;margin-top:-17.3px;left:84.5552%;margin-left:-62px;width:124px;">
			<p class="g-pstyle1">Non-Structural</p>
			<p class="g-pstyle1">Proteins<span class="g-cstyle0"> (NSPs)</span></p>
		</div>
		<div id="g-ai1-3" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:8.5781%;margin-top:-17.3px;left:13.5357%;width:73px;">
			<p class="g-pstyle2">Start of</p>
			<p class="g-pstyle2">genome</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-4" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:9.5687%;margin-top:-8.8px;right:24.2765%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">1</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-5" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:12.312%;margin-top:-8.8px;left:94.3569%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">2</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-6" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:25.5537%;margin-top:-16.7px;right:60.5192%;width:74px;">
			<p class="g-pstyle4">ORF1ab</p>
			<p class="g-pstyle5">Protein</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-7" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:24.352%;margin-top:-8.8px;right:24.2765%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">3</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-8" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:35.3252%;margin-top:-8.8px;left:94.3569%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">4</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-9" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:38.9829%;margin-top:-8.8px;right:24.2765%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">5</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-10" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:41.269%;margin-top:-8.8px;left:94.3569%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">6</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-11" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:43.0978%;margin-top:-8.8px;right:24.2765%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">7</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-12" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:44.4695%;margin-top:-8.8px;left:94.3569%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">8</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-13" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:46.1459%;margin-top:-8.8px;right:24.2765%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">9</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-14" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:47.2128%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">10</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-15" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:49.3464%;margin-top:-8.8px;right:24.4406%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">11</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-16" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:51.7849%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">12</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-17" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:59.2527%;margin-top:-8.8px;right:24.4406%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">13</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-18" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:64.2821%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">14</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-19" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:68.0922%;margin-top:-8.8px;right:24.4406%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">15</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-20" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:70.9879%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">16</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-21" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:78.151%;margin-top:-8.8px;left:51.8808%;width:57px;">
			<p class="g-pstyle2">Spike</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-22" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:79.5954%;margin-top:-17.3px;left:84.6129%;margin-left:-44px;width:88px;">
			<p class="g-pstyle1">Accessory</p>
			<p class="g-pstyle1">Proteins</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-23" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:85.5391%;margin-top:-17.3px;right:60.4043%;width:87px;">
			<p class="g-pstyle4">Structural</p>
			<p class="g-pstyle4">Proteins</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-24" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:84.5519%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle2">3b</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-25" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:85.0092%;margin-top:-8.8px;right:24.4928%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">3a</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-26" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:85.4664%;margin-top:-8.8px;left:51.8808%;width:30px;">
			<p class="g-pstyle2">E</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-27" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:88.8193%;margin-top:-8.8px;right:24.2765%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">6</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-28" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:89.429%;margin-top:-8.8px;left:51.8808%;width:35px;">
			<p class="g-pstyle2">M</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-29" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:89.4289%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle2">7a</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-30" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:91.2578%;margin-top:-8.8px;right:24.5467%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">7b</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-31" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:92.1723%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">8</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-32" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:93.8486%;margin-top:-8.8px;right:24.5467%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">9b</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-33" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:94.6107%;margin-top:-8.8px;left:51.8808%;width:32px;">
			<p class="g-pstyle2">N</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-34" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:95.2203%;margin-top:-8.8px;left:94.0584%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle2">9c</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-35" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.5158%;margin-top:-17.3px;left:13.8016%;width:93px;">
			<p class="g-pstyle2">30,000</p>
			<p class="g-pstyle2">RNA letters</p>
		</div>
		<div id="g-ai1-36" class="g-type_copy g-aiAbs g-aiPointText" style="top:97.0491%;margin-top:-8.8px;right:24.4406%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">10</p>
		</div>
	</div>

	<!-- Artboard: 300 -->
	<div id="g-genome-300" class="g-artboard" style="max-width: 300px;max-height: 656px" data-aspect-ratio="0.457" data-min-width="0" data-max-width="334">
<div style="padding: 0 0 218.7156% 0;"></div>
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		<div id="g-ai2-1" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:2.0186%;margin-top:-8.2px;left:0.4566%;width:192px;">
			<p class="g-pstyle0">THE SARS-CoV-2 GENOME</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-2" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:3.241%;margin-top:-16.3px;left:83.0601%;margin-left:-58.5px;width:117px;">
			<p class="g-pstyle1">Non-Structural</p>
			<p class="g-pstyle1">Proteins<span class="g-cstyle0"> (NSPs)</span></p>
		</div>
		<div id="g-ai2-3" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:8.5781%;margin-top:-17.3px;left:14.4524%;width:73px;">
			<p class="g-pstyle2">Start of</p>
			<p class="g-pstyle2">genome</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-4" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:9.5687%;margin-top:-8.8px;right:26.7709%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">1</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-5" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:12.312%;margin-top:-8.8px;left:94.0364%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">2</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-6" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:25.4889%;margin-top:-16.2px;right:59.4122%;width:71px;">
			<p class="g-pstyle4">ORF1ab</p>
			<p class="g-pstyle4">Protein</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-7" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:24.352%;margin-top:-8.8px;right:26.7709%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">3</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-8" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:35.3252%;margin-top:-8.8px;left:94.0364%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">4</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-9" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:38.9829%;margin-top:-8.8px;right:26.7712%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">5</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-10" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:41.269%;margin-top:-8.8px;left:94.0361%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">6</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-11" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:43.0978%;margin-top:-8.8px;right:26.7712%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">7</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-12" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:44.4695%;margin-top:-8.8px;left:94.0361%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">8</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-13" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:46.1459%;margin-top:-8.8px;right:26.7709%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">9</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-14" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:47.2128%;margin-top:-8.8px;left:93.7031%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">10</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-15" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:49.3464%;margin-top:-8.8px;right:26.9542%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">11</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-16" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:51.7849%;margin-top:-8.8px;left:93.7027%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">12</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-17" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:59.2527%;margin-top:-8.8px;right:26.9542%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">13</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-18" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:64.2821%;margin-top:-8.8px;left:93.7027%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">14</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-19" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:68.0922%;margin-top:-8.8px;right:26.9542%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">15</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-20" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:70.9879%;margin-top:-8.8px;left:93.7031%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle2">16</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-21" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:78.151%;margin-top:-8.8px;left:54.2714%;width:57px;">
			<p class="g-pstyle2">Spike</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-22" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:79.5927%;margin-top:-16.2px;left:83.0543%;margin-left:-41.5px;width:83px;">
			<p class="g-pstyle1">Accessory</p>
			<p class="g-pstyle1">Proteins</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-23" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:84.2471%;margin-top:-8.8px;left:93.7031%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle2">3b</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-24" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:85.3841%;margin-top:-16.2px;right:59.337%;width:83px;">
			<p class="g-pstyle4">Structural</p>
			<p class="g-pstyle4">Proteins</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-25" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:84.8568%;margin-top:-8.8px;right:27.0128%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">3a</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-26" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:85.4664%;margin-top:-8.8px;left:54.2714%;width:30px;">
			<p class="g-pstyle2">E</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-27" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:88.8193%;margin-top:-8.8px;right:26.7709%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle3">6</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-28" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:89.429%;margin-top:-8.8px;left:54.2711%;width:35px;">
			<p class="g-pstyle2">M</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-29" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:89.4289%;margin-top:-8.8px;left:93.7031%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle2">7a</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-30" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:91.2578%;margin-top:-8.8px;right:27.0727%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">7b</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-31" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:92.1723%;margin-top:-8.8px;left:93.7031%;width:31px;">
			<p class="g-pstyle2">8</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-32" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:93.6962%;margin-top:-8.8px;right:27.0727%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle3">9b</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-33" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:94.6107%;margin-top:-8.8px;left:54.2711%;width:32px;">
			<p class="g-pstyle2">N</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-34" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:94.7631%;margin-top:-8.8px;left:93.7027%;width:38px;">
			<p class="g-pstyle2">9c</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-35" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:96.5158%;margin-top:-17.3px;left:14.7496%;width:93px;">
			<p class="g-pstyle2">30,000</p>
			<p class="g-pstyle2">RNA letters</p>
		</div>
		<div id="g-ai2-36" class="g-type_copy_2 g-aiAbs g-aiPointText" style="top:97.0491%;margin-top:-8.8px;right:26.9542%;width:39px;">
			<p class="g-pstyle3">10</p>
		</div>
	</div>

</div>

<script type="text/javascript">
	(function (containerId, opts) {
		if (!('querySelector' in document)) return;
		var container = document.getElementById(containerId);
		var nameSpace = opts.namespace || '';
		var onResize = throttle(update, 200);
		var waiting = !!window.IntersectionObserver;
		var observer;
		update();

		document.addEventListener('DOMContentLoaded', update);
		window.addEventListener('resize', onResize);

		// NYT Scoop-specific code
		if (opts.setup) {
			opts.setup(container).on('cleanup', cleanup);
		}

		function cleanup() {
			document.removeEventListener('DOMContentLoaded', update);
			window.removeEventListener('resize', onResize);
			if (observer) observer.disconnect();
		}

		function update() {
			var artboards = selectChildren('.' + nameSpace + 'artboard[data-min-width]', container),
					width = Math.round(container.getBoundingClientRect().width);

			// Set artboard visibility based on container width
			artboards.forEach(function(el) {
				var minwidth = el.getAttribute('data-min-width'),
						maxwidth = el.getAttribute('data-max-width');
				if (+minwidth <= width && (+maxwidth >= width || maxwidth === null)) {
					if (!waiting) {
						selectChildren('.' + nameSpace + 'aiImg', el).forEach(updateImgSrc);
					}
					el.style.display = 'block';
				} else {
					el.style.display = 'none';
				}
			});

			// Initialize lazy loading on first call
			if (waiting && !observer) {
				if (elementInView(container)) {
					waiting = false;
					update();
				} else {
					observer = new IntersectionObserver(onIntersectionChange, {});
					observer.observe(container);
				}
			}
		}

		function elementInView(el) {
			var bounds = el.getBoundingClientRect();
			return bounds.top < window.innerHeight && bounds.bottom > 0;
		}

		// Replace blank placeholder image with actual image
		function updateImgSrc(img) {
			var src = img.getAttribute('data-src');
			if (src && img.getAttribute('src') != src) {
				img.setAttribute('src', src);
			}
		}

		function onIntersectionChange(entries) {
			// There may be multiple entries relating to the same container
			// (captured at different times)
			var isIntersecting = entries.reduce(function(memo, entry) {
				return memo || entry.isIntersecting;
			}, false);
			if (isIntersecting) {
				waiting = false;
				// update: don't remove -- we need the observer to trigger an update
				// when a hidden map becomes visible after user interaction
				// (e.g. when an accordion menu or tab opens)
				// observer.disconnect();
				// observer = null;
				update();
			}
		}

		function selectChildren(selector, parent) {
			return parent ? Array.prototype.slice.call(parent.querySelectorAll(selector)) : [];
		}

		// based on underscore.js
		function throttle(func, wait) {
			var timeout = null, previous = 0;
			function run() {
					previous = Date.now();
					timeout = null;
					func();
			}
			return function() {
				var remaining = wait - (Date.now() - previous);
				if (remaining <= 0 || remaining > wait) {
					clearTimeout(timeout);
					run();
				} else if (!timeout) {
					timeout = setTimeout(run, remaining);
				}
			};
		}
	})("g-genome-box", {namespace: "g-", setup: window.setupInteractive || window.getComponent});
</script>
<!-- End ai2html - 2020-04-02 22:37 -->



<!-- or print custom, pre-generated div with ID and classes -->


<!-- or print missing file warning -->




<!-- asset wrapper : end -->
<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	Research on other coronaviruses has given scientists a good understanding of what some of the SARS-CoV-2 proteins do. But other proteins are far more mysterious, and some might do nothing at all.
</p>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="3">Cellular Saboteur <span class="g-ss">&middot; NSP1</span></span>
</h2>
<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->

<!-- asset wrapper : start -->
<!-- ASSET : START -->




<div class="g-asset g-image"  style="max-width: 600px">

<!-- Intro elements -->











<!-- inner image element -->
<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->
<div class="g-asset_inner">
		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/nsp1-800.png">
	
</div>


<!-- asset wrapper : end -->
<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	This protein slows down the infected cell’s production of its own proteins. This sabotage forces the cell to make more virus proteins and prevents it from assembling antiviral proteins that could stop the virus.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">ccc</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaaa</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cc</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuuu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="4">Mystery Protein <span class="g-ss">&middot; NSP2</span></span>
</h2>
<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->

<!-- asset wrapper : start -->
<!-- ASSET : START -->




<div class="g-asset g-image"  style="max-width: 600px">

<!-- Intro elements -->











<!-- inner image element -->
<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->
<div class="g-asset_inner">
		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/nsp2-800.png">
	
</div>


<!-- asset wrapper : end -->
<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	Scientists aren’t sure what <span class="g-ss-inline">NSP2</span> does. The other proteins it attaches to may offer some clues. Two of them help move molecule-filled bubbles called endosomes around the cell.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">ccc</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="5">Untagging and Cutting <span class="g-ss">&middot; NSP3</span></span>
</h2>
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<!-- ASSET : START -->




<div class="g-asset g-image"  style="max-width: 600px">

<!-- Intro elements -->











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<div class="g-asset_inner">
		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/nsp3-800.png">
	
</div>


<!-- asset wrapper : end -->
<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	<span class="g-ss-inline">NSP3</span> is a large protein that has two important jobs. One is cutting loose other viral proteins so they can do their own tasks. It also alters many of the infected cell’s proteins.
</p>
<p class="g-body " >
	Normally, a healthy cell tags old proteins for destruction. But the coronavirus can remove those tags, changing the balance of proteins and possibly reducing the cell’s ability to fight the virus.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="6">Bubble Maker <span class="g-ss">&middot; NSP4</span></span>
</h2>
<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->

<!-- asset wrapper : start -->
<!-- ASSET : START -->




<div class="g-asset g-image"  style="max-width: 600px">

<!-- Intro elements -->











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<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->
<div class="g-asset_inner">
		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/nsp4-800.png">
	
</div>


<!-- asset wrapper : end -->
<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	Combining with other proteins, <span class="g-ss-inline">NSP4</span> helps build fluid-filled bubbles within infected cells. Inside these bubbles, parts for new copies of the virus are constructed.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuuu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="7">Protein Scissors <span class="g-ss">&middot; NSP5</span></span>
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<p class="g-body " >
	This protein makes most of the cuts that free other <span class="g-ss-inline">NSP</span> proteins to carry out their own jobs.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuuu</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaaaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">ccc</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="8">Bubble Factory <span class="g-ss">&middot; NSP6</span></span>
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<p class="g-body " >
	Works with <span class="g-ss-inline">NSP3</span> and <span class="g-ss-inline">NSP4</span> to make virus factory bubbles.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaaa</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuu</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="9">Copy Assistants <span class="g-ss">&middot; NSP7&nbsp;and&nbsp;NSP8</span></span>
</h2>
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</div>

<p class="g-body " >
	These two proteins help <span class="g-ss-inline">NSP12</span> make new copies of the RNA genome, which can ultimately end up inside new viruses.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuuu</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cc</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaaaaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuuu</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">cc</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em>



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<div class="g-genome"><p class="g-body">


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</p></div>
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</div>

<p class="g-body " >
	This protein infiltrates tiny channels in the infected cell’s nucleus, which holds our own genome. It may be able to influence the movement of molecules in and out of the nucleus — but for what purpose, no one knows.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="11">Genetic Camouflage <span class="g-ss">&middot; NSP10</span></span>
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</div>

<p class="g-body " >
	Human cells have antiviral proteins that find viral RNA and shred it. This protein works with <span class="g-ss-inline">NSP16</span> to camouflage the virus’s genes so that they don’t get attacked.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="12">Copy Machine <span class="g-ss">&middot; NSP12</span></span>
</h2>
<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->

<!-- asset wrapper : start -->
<!-- ASSET : START -->




<div class="g-asset g-image"  style="max-width: 600px">

<!-- Intro elements -->











<!-- inner image element -->
<!-- data processed in process/freebird/process-image.js -->
<div class="g-asset_inner">
		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/nsp12-800.png">
	
</div>


<!-- asset wrapper : end -->
<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	This protein assembles genetic letters into new virus genomes. Researchers have found that the antiviral <a href="https://www.nytimes.com/2020/02/06/health/coronavirus-treatments.html">remdesivir</a> interferes with <span class="g-ss-inline">NSP12</span> in other coronaviruses, and trials are now underway to see if the drug can treat Covid-19.
</p>
<p class="g-body " >
	The infected cell begins reading the RNA sequence for <span class="g-ss-inline">NSP12</span>:
</p>
<p class="g-body " >
	<!-- pre-shift -->
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<!-- pre-shift -->

<em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuuuu</em><em class="av">aaa</em><em class="cv">c</em>...


</p></div>
<p class="g-body " >
	Then it backtracks and reads <span class="g-genome"><em class="cv g-reg">c</em></span> again, continuing as:
</p>
<p class="g-body " >
	<!-- frameshift -->
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<!-- frameshift -->

...<em class="cv">c</em><em class="gv">ggg</em><em class="uv">uuu</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em 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</p></div>
<p class="g-body " >
	Another sequence, <span class="g-ss-inline">NSP11</span>, overlaps part of the same stretch of RNA. But it’s not clear if the tiny protein encoded by this gene has any function at all.
</p>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="13">Unwinding RNA <span class="g-ss">&middot; NSP13</span></span>
</h2>
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<!-- ASSET : START -->




<div class="g-asset g-image"  style="max-width: 600px">

<!-- Intro elements -->











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<div class="g-asset_inner">
		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/nsp13-800.png">
	
</div>


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<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	Normally, virus RNA is wound into intricate twists and turns. Scientists suspect that <span class="g-ss-inline">NSP13</span> unwinds it so that other proteins can read its sequence and make new copies.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


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<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="14">Viral Proofreader <span class="g-ss">&middot; NSP14</span></span>
</h2>
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<p class="g-body " >
	As <span class="g-ss-inline">NSP12</span> duplicates the coronavirus genome, it sometimes adds a wrong letter to the new copy. <span class="g-ss-inline">NSP14</span> cuts out these errors, so that the correct letter can be added instead.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="15">Cleaning Up <span class="g-ss">&middot; NSP15</span></span>
</h2>
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<p class="g-body " >
	Researchers suspect that this protein chops up leftover virus RNA as a way to hide from the infected cell’s antiviral defenses.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uuu</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="16">More Camouflage <span class="g-ss">&middot; NSP16</span></span>
</h2>
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</div>


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</div>

<p class="g-body " >
	<span class="g-ss-inline">NSP16</span> works with <span class="g-ss-inline">NSP10</span> to help the virus’s genes hide from proteins that chop up viral RNA.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em 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</div>


</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="17">Spike Protein <span class="g-ss">&middot; S</span></span>
</h2>
<p class="g-body " >
	The spike protein is one of four structural proteins — <span class="g-ss-inline">S</span>, <span class="g-ss-inline">E</span>, <span class="g-ss-inline">M</span> and <span class="g-ss-inline">N</span> — that form the outer layer of the coronavirus and protect the RNA inside. Structural proteins also help assemble and release new copies of the virus.
</p>
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</div>

<p class="g-body " >
	The <span class="g-ss-inline">S</span> proteins form prominent spikes on the surface of the virus by arranging themselves in groups of three. These crownlike spikes give coronaviruses their name.
</p>
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</div>

<p class="g-body " >
	Part of the spike can extend and attach to a protein called <span class="g-ss-inline">ACE2</span> (in yellow below), which appears on particular cells in the human airway. The virus can then <a href="https://www.nytimes.com/interactive/2020/03/11/science/how-coronavirus-hijacks-your-cells.html">invade the cell</a>.
</p>
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		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/s-ace2-800.png">
	
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<p class="g-body " >
	The gene for the spike protein in SARS-CoV-2 has an insertion of 12 genetic letters: <span class="g-genome"><em class="xv g-reg">ccucggcgggca</em></span>. This mutation may help the spikes bind tightly to human cells — a crucial step in its evolution from a virus that infected bats and other species.
</p>
<p class="g-body " >
	A number of scientific teams are now designing vaccines that could prevent the spikes from attaching to human cells.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


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<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="18">Escape Artist <span class="g-ss">&middot; ORF3a</span></span>
</h2>
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</div>

<p class="g-body " >
	The SARS-CoV-2 genome also encodes a group of so-called  “accessory proteins.” They help change the environment inside the infected cell to make it easier for the virus to replicate.
</p>
<p class="g-body " >
	The <span class="g-ss-inline">ORF3a</span> protein pokes a hole in the membrane of an infected cell, making it easier for new viruses to escape. It also triggers inflammation, one of the most dangerous symptoms of Covid-19.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


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</p></div>
<p class="g-body " >
	<span class="g-ss-inline">ORF3b</span> overlaps the same RNA, but scientists aren’t sure if SARS-CoV-2 uses this gene to make proteins.
</p>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="19">Envelope Protein <span class="g-ss">&middot; E</span></span>
</h2>
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</div>

<p class="g-body " >
	The envelope protein is a structural protein that helps form the oily bubble of the virus. It may also have jobs to do once the virus is inside the cell. Researchers have found that it latches onto proteins that help turn our own genes on and off. It’s possible that pattern changes when the <span class="g-ss-inline">E</span> protein interferes.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuuu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaaa</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuuu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aaaaa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="g-gray">acgaacuaaauauuauauuaguuuuucuguuuggaacuuuaauuuuagcc</em>


</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="20">Membrane Protein <span class="g-ss">&middot; M</span></span>
</h2>
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</div>


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</div>

<p class="g-body " >
	Another structural protein that forms part of the outer coat of the virus.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cc</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="gv">gg</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaaaa</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="21">Signal Blocker <span class="g-ss">&middot; ORF6</span></span>
</h2>
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</div>


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<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	This accessory protein blocks signals that the infected cell would send out to the immune system. It also blocks some of the cell’s own virus-fighting proteins, the same ones targeted by other viruses such as polio and influenza.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uuuu</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">cc</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaaaa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="g-gray">acgaac</em>


</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="22">Virus Liberator <span class="g-ss">&middot; ORF7a</span></span>
</h2>
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</div>


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<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	When new viruses try to escape a cell, the cell can snare them with proteins called tetherin. Some research suggests that <span class="g-ss-inline">ORF7a</span> cuts down an infected cell’s supply of tetherin, allowing more of the viruses to escape. Researchers have also found that the protein can trigger infected cells to commit suicide — which contributes to the damage Covid-19 causes to the lungs.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em 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</p></div>
<p class="g-body " >
	<span class="g-ss-inline">ORF7b</span> overlaps this same stretch of RNA, but it’s not clear what, if anything, the gene does.
</p>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="23">Mystery Protein <span class="g-ss">&middot; ORF8</span></span>
</h2>
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<div class="g-asset g-image"  style="max-width: 600px">

<!-- Intro elements -->











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<div class="g-asset_inner">
		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/orf8-800.png">
	
</div>


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<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	The gene for this accessory protein is dramatically different in SARS-CoV-2 than in other coronaviruses. Researchers are debating what it does.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuuu</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em 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</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="24">Nucleocapsid Protein <span class="g-ss">&middot; N</span></span>
</h2>
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<p class="g-body " >
	The <span class="g-ss-inline">N</span> protein protects the virus RNA, keeping it stable inside the virus. Many <span class="g-ss-inline">N</span> proteins link together in a long spiral, wrapping and coiling the RNA:
</p>
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<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">ccc</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">ccc</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">cc</em><em 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</p></div>
<p class="g-body " >
	The accessory proteins <span class="g-ss-inline">ORF9b</span> and <span class="g-ss-inline">ORF9c</span> overlap this same stretch of RNA. <span class="g-ss-inline">ORF9b</span> blocks interferon, a key molecule in the defense against viruses, but it’s not clear if <span class="g-ss-inline">ORF9c</span> is used at all.
</p>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="25">Mystery Protein <span class="g-ss">&middot; ORF10</span></span>
</h2>
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</div>

<p class="g-body " >
	Close relatives of the SARS-CoV-2 virus don’t have the gene for this tiny accessory protein, so it’s hard to know what it’s for yet — or even if the virus makes proteins from it.
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">ggg</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaa</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuuu</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">cc</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em>


</p></div>
<h2 class="g-subhed g-optimize-type " id="">
	<span class="g-balancer" data-id="26">End of the Line</span>
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		<img class="g-image-element-noscript" src="https://static01.nyt.com/newsgraphics/2020/04/02/virus-genome/assets/images/rna-800.png">
	
</div>


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<!-- ASSET : END -->





</div>

<p class="g-body " >
	The coronavirus genome ends with a snippet of RNA that stops the cell’s protein-making machinery. It then trails away as a repeating sequence of <span class="g-genome"><em class="av g-reg">aaaaaaaaaaaaa</em></span>
</p>
<div class="g-genome"><p class="g-body">


<em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="uv">uu</em><em class="gv">g</em><em class="av">aaa</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuu</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="cv">c</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">gg</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">cc</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">gg</em><em class="av">aa</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">ccc</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">aaaa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="cv">cccc</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="uv">u</em><em class="uv">uuu</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="cv">c</em><em class="uv">u</em><em class="uv">u</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="gv">g</em><em class="av">aa</em><em class="uv">u</em><em class="gv">g</em><em class="av">a</em><em class="cv">c</em><em class="av">aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa</em>



</p></div>
<p class="g-body " >
	<br><br>
</p>
<p class="g-body " >
	<span class="g-sync">Note: The four letters of DNA are A, C, G and T. In RNA molecules like the coronavirus genome, the T (thymine) is replaced with U (uracil).</span>
</p>
<p class="g-body " >
	<span class="g-sync">Sources: Fan Wu et al., Nature; National Center for Biotechnology Information; Dr. David Gordon, University of California, San Francisco; Dr. Matthew B. Frieman and Dr. Stuart Weston, University of Maryland School of Medicine; Dr. Pleuni Pennings, San Francisco State University; David Haussler and Jason Fernandes, U.C. Santa Cruz Genomics Institute; Journal of Virology; Annual Review of Virology.</span>
</p>
<p class="g-body " >
	<span class="g-sync">Model sources: Coronavirus by Maria Voigt, RCSB Protein Data Bank headquartered at Rutgers University–New Brunswick; Ribosome from Heena Khatter et al., Nature; Proteins from Yang Zhang’s Research Group, University of Michigan.</span>
</p>

</div>
<!-- /end story-body -->
